青藏高原纳木错土壤微生物多样性数据集(2015)

Data set of soil microbial diversity in Namco, Qinghai Tibet Plateau (2015)


本数据包括青藏高原纳木错地区土壤细菌分布数据,可用来探索围栏和放牧对纳木错地区土壤微生物的季节性影响,样品采集时间为2015年5月至9月,土壤样品用冰袋保存,运回北京青藏高原研究所生态实验室;本数据为扩增子测序结果,使用MoBio Powersoil™DNA分离试剂盒提取土壤DNA,引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3')和806R (5'GGACTACNVGGGTWTCTAAT-3'),扩增后的片段通过Illumina Miseq PE250方式测序。原始数据通过Qiime软件进行分析,之后计算序列之间相似度,并在相似度在97%以上的序列聚类为一个OTU。采用Greengenes参考文库进行序列比对,去除了只在数据库中出现一次的序列。土壤含水率和土壤温度由土壤温湿度计测得,土壤pH值用pH计测定(Sartorius PB-10, Germany),用2 M KCl(土壤/溶液,1:5)提取土壤硝态氮(NO3−)和铵态氮(NH4+)浓度,并用Smartchem200离散自动分析仪进行分析。本数据集对研究干旱半干旱草原土壤微生物多样性具有重大意义。


数据文件命名方式和使用方法

文件命名:N+month, read为测序方向,包括R1(正向)和R2(反向)
数据读取方式:下机数据可用文本程序(如记事本)打开,主体内容为测序碱基质量。
处理后的OTU表可用office办公软件打开,主题内容为基于97%序列identity的OTU表及物种分类信息。


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数据的引用

孔维栋. (2022). 青藏高原纳木错土壤微生物多样性数据集(2015). 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.1002/ldr.3626.
[Kong, W. (2022). Data set of soil microbial diversity in Namco, Qinghai Tibet Plateau (2015). A Big Earth Data Platform for Three Poles, DOI: 10.1002/ldr.3626. ] (下载引用: RIS格式 | RIS英文格式 | Bibtex格式 | Bibtex英文格式 )

文章的引用

1. Fan, D. D., Kong, W. D., Wang, F., Yue, L. Y., & Li, X. Z. (2020). Fencing decreases microbial diversity but increases abundance in grassland soils on the Tibetan Plateau. Land Degradation & Development, 31(17), 2577-2590.( 查看 | Bibtex格式)

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资助项目

地球大数据科学工程专项时空三极环境项目(XDA19000000) (项目编号:XDA19000000) CASEarth:Big Earth Data for Three Poles(grant No. XDA19070000)

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License: This work is licensed under an Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)


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East: 90.59 West: 90.10
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数据细节
  • 时间分辨率: 月
  • 空间分辨率: 100m - 1km
  • 大小: 1,854 MB
  • 浏览: 1834 次
  • 下载量: 0 次
  • 共享方式: 保护期内
  • 数据时间范围: 2015-05-01 至 2015-09-15
  • 元数据更新时间: 2022-10-18

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联系信息
孔维栋  

分发方: 时空三极环境大数据平台

Email: poles@itpcas.ac.cn

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