青藏高原湖泊微生物数据集(2015)

Microbial data set of Qinghai Tibet Plateau Lakes (2015)


本数据包括青藏高原中部的25个湖泊的细菌16S核糖体RNA基因序列数据,样品采集时间为2015年7月-8月,使用2.5升采样器对地表水进行了三次重复采样。样品采集后立即带回北京青藏高原研究所生态实验室,所取盐湖的盐度梯度为0.14 ~ 118.07 g/L。本数据为扩增子测序结果。将湖水在0.6 atm过滤压力下浓缩到至0.22μm膜上,然后通过FastDNA SPIN Kit 提试剂盒提取DNA,16S rRNA基因片段扩增引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 909r (5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')。使用Illumina MiSeq PE250测序仪进行对端测序,原始数据通过Mothur软件进行分析,序列与Silva128数据库进行比对并以97%的同源性将序列划分为操作分类单元(OTU)。本数据可用于分析青藏高原湖泊微生物多样性研究。


数据文件命名方式和使用方法

数据读取方式:下机数据可用文本程序(如记事本)打开,主体内容为测序碱基质量。
OTU数据以excel格式存储,文件的名称为“青藏高原湖泊微生物分布",可用Office等办公软件打开读取


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数据的引用

孔维栋. (2022). 青藏高原湖泊微生物数据集(2015). 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.1093/femsec/fiz190.
[Kong, W. (2022). Microbial data set of Qinghai Tibet Plateau Lakes (2015). A Big Earth Data Platform for Three Poles, DOI: 10.1093/femsec/fiz190. ] (下载引用: RIS格式 | RIS英文格式 | Bibtex格式 | Bibtex英文格式 )

文章的引用

1. Ji, M. K., Kong, W. D., Yue, L. Y., Wang, J. B., Deng, Y., & Zhu, L. P. (2019). Salinity reduces bacterial diversity, but increases network complexity in Tibetan Plateau lakes. Fems Microbiology Ecology, 95(12), fiz190.( 查看 | Bibtex格式)

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资助项目

地球大数据科学工程专项时空三极环境项目(XDA19000000) (项目编号:XDA19000000) CASEarth:Big Earth Data for Three Poles(grant No. XDA19070000)

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East: 91.11 West: 79.82
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数据细节
  • 时间分辨率: 月
  • 空间分辨率: 100km - 1000km
  • 大小: 185 MB
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  • 共享方式: 保护期内
  • 数据时间范围: 2015-07-01 至 2015-08-15
  • 元数据更新时间: 2022-10-20

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联系信息
孔维栋  

分发方: 时空三极环境大数据平台

Email: poles@itpcas.ac.cn

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