青藏高原草地土壤细菌数据集(2017)

Data set of soil microbe in grassland of Qinghai Tibet Plateau (2017)


青藏高原草地土壤细菌多样性数据。样品采集时间为2017年7月至8月,包含高寒草甸,典型草原,荒漠草原3种生态系统共计120个样品。土壤表层样品采集后用冰袋保存,运回北京青藏高原研究所生态实验室,通过MO BIO PowerSoil DNA试剂盒提取土壤DNA,16S rRNA基因片段扩增引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 806R (5´GGACTACNVGGGTWTCTAAT-3´),扩增后的片段通过Illumina Miseq PE250方式测序。原始数据通过Qiime软件分析,序列分类依据Silva128数据库,将相似度在97%以上的序列聚类为一个操作分类单元(OTU)。本数据系统地比较了青藏高原样带草地土壤微生物的细菌多样性,对研究微生物在青藏高原的分布具有重大意义。


数据文件命名方式和使用方法

文件格式:下机数据文件格式为.fq文件。read为测序方向,包括R1(正向)和R2(反向)。
数据读取方式:下机数据可用文本程序(如记事本)打开,主体内容为测序碱基质量。
OTU数据以excel格式存储,文件的名称为“青藏高原土壤微生物调查",可用Office办公软件打开读取


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数据的引用

孔维栋. (2022). 青藏高原草地土壤细菌数据集(2017). 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.11888/HumanNat.tpdc.272789. CSTR: 18406.11.HumanNat.tpdc.272789.
[Kong, W. (2022). Data set of soil microbe in grassland of Qinghai Tibet Plateau (2017). A Big Earth Data Platform for Three Poles, DOI: 10.11888/HumanNat.tpdc.272789. CSTR: 18406.11.HumanNat.tpdc.272789. ] (下载引用: RIS格式 | RIS英文格式 | Bibtex格式 | Bibtex英文格式 )

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资助项目

地球大数据科学工程专项时空三极环境项目(XDA19000000) (项目编号:XDA19000000) CASEarth:Big Earth Data for Three Poles(grant No. XDA19070000)

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East: 93.00 West: 79.00
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数据细节
  • 时间分辨率: 月
  • 空间分辨率: 100km - 1000km
  • 大小: 1,854 MB
  • 浏览: 1846 次
  • 下载量: 0 次
  • 共享方式: 保护期内
  • 数据时间范围: 2017-07-01 至 2017-08-15
  • 元数据更新时间: 2022-10-20

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联系信息
孔维栋  

分发方: 时空三极环境大数据平台

Email: poles@itpcas.ac.cn

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