本数据包括青藏高原中部的25个湖泊的细菌16S核糖体RNA基因序列数据,样品采集时间为2015年7月-8月,使用2.5升采样器对地表水进行了三次重复采样。样品采集后立即带回北京青藏高原研究所生态实验室,所取盐湖的盐度梯度为0.14 ~ 118.07 g/L。本数据为扩增子测序结果。将湖水在0.6 atm过滤压力下浓缩到至0.22μm膜上,然后通过FastDNA SPIN Kit 提试剂盒提取DNA,16S rRNA基因片段扩增引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 909r (5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')。使用Illumina MiSeq PE250测序仪进行对端测序,原始数据通过Mothur软件进行分析,序列与Silva128数据库进行比对并以97%的同源性将序列划分为操作分类单元(OTU)。本数据可用于分析青藏高原湖泊微生物多样性研究。
孔维栋
本数据包括青藏高原纳木错地区土壤细菌分布数据,可用来探索围栏和放牧对纳木错地区土壤微生物的季节性影响,样品采集时间为2015年5月至9月,土壤样品用冰袋保存,运回北京青藏高原研究所生态实验室;本数据为扩增子测序结果,使用MoBio Powersoil™DNA分离试剂盒提取土壤DNA,引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3')和806R (5'GGACTACNVGGGTWTCTAAT-3'),扩增后的片段通过Illumina Miseq PE250方式测序。原始数据通过Qiime软件进行分析,之后计算序列之间相似度,并在相似度在97%以上的序列聚类为一个OTU。采用Greengenes参考文库进行序列比对,去除了只在数据库中出现一次的序列。土壤含水率和土壤温度由土壤温湿度计测得,土壤pH值用pH计测定(Sartorius PB-10, Germany),用2 M KCl(土壤/溶液,1:5)提取土壤硝态氮(NO3−)和铵态氮(NH4+)浓度,并用Smartchem200离散自动分析仪进行分析。本数据集对研究干旱半干旱草原土壤微生物多样性具有重大意义。
孔维栋
青藏高原草地土壤细菌多样性数据。样品采集时间为2017年7月至8月,包含高寒草甸,典型草原,荒漠草原3种生态系统共计120个样品。土壤表层样品采集后用冰袋保存,运回北京青藏高原研究所生态实验室,通过MO BIO PowerSoil DNA试剂盒提取土壤DNA,16S rRNA基因片段扩增引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 806R (5´GGACTACNVGGGTWTCTAAT-3´),扩增后的片段通过Illumina Miseq PE250方式测序。原始数据通过Qiime软件分析,序列分类依据Silva128数据库,将相似度在97%以上的序列聚类为一个操作分类单元(OTU)。本数据系统地比较了青藏高原样带草地土壤微生物的细菌多样性,对研究微生物在青藏高原的分布具有重大意义。
孔维栋
《2015年第三极部分湖泊水体细菌后处理产品和常规水质参数》数据集收集了2015年期间青藏高原地区部分湖泊水体采样细菌分析结果和常规水质参数。通过整理归纳汇总得到2015年第三极部分湖泊水体细菌后处理产品,数据格式为excel,方便用户查看。样品由计慕侃老师采集于2015年7月1日至7月15日,包含28个湖泊(巴木错,白马纳木错,班戈错(盐湖), 班公错,崩错,别若则错,错鄂(申扎),错鄂(那曲),达瓦错,当穹错,当惹雍错,洞错,鄂雅错,公珠错,果根错,甲热布错,玛旁雍错,纳木错,聂尔错(盐湖),诺尔玛错,朋彦错(盐湖),蓬错,枪勇错,色林错,吴如错,物玛错,扎日南木错,扎西错),共计138个样品。其中湖泊水体细菌DNA提取方法如下:湖水过滤到0.45膜上,然后通过MO BIO PowerSoil DNA试剂盒提取DNA。16S rRNA基因片段扩增引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 909r (5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')。测序方式为Illumina MiSeq PE250,原始数据通过Mothur软件分析,包括quality filtering, chimera removal,序列分类依据Silva109数据库,古菌、真核和未知来源序列已被移除。OTU以97%相似度分类,然后移除仅在数据库中出现一次的序列。常规水质检测参数包括:溶解氧、电导率、溶解性总固体、盐度、氧化还原电位、不挥发有机碳、总氮等。其中,溶解氧采用电极极谱法;电导率采用电导率仪;盐度采用盐度计;溶解性总固体采用TDS测试仪;氧化还原电位采用ORP在线分析仪;不挥发有机碳采用TOC分析仪;总氮采用分光光度法分别得到水质参数结果供参考。
叶爱中
本数据包括北极Barrow地区不同年龄冻土土壤细菌物种组成数据,可用来探索土壤微生物对冻土消融的响应及不同年龄冻土的土壤细菌差异;本数据为扩增子测序结果,引物为Earth Microbiome Project 标准引物 515F–806R,扩增范围为V4区,测序平台为Illumina Hiseq PE250; 数据通过质量控制,至少达到Q30水平;本数据用于发表于Cryospshere文章Permafrost thawing exhibits a greater influence on bacterial richness and community structure than permafrost age in Arctic permafrost soils. The Cryosphere, 2020, 14, 3907–3916, https://doi.org/10.5194/tc-14-3907-2020。本数据还可用于三极土壤微生物比较分析研究
孔维栋
该数据集是中国科学院西北高原生物研究所在三江源国家公园野生动物多样性本底调查过程获得的野生动物分布位点信息。该数据集时间范围是2017年,调查范围是三江源国家公园,调查物种包括藏野驴(Equus kiang)、狼(Canis lupus)、赤狐(Vulpes vulpes)、马鹿(Cervus elaphus)、雀鹰(Accipiter nisus)、红腹红尾鸲(Phoenicurus erythrogastrus)、豹猫(Prionailurus bengalensis)、大鵟(Buteo hemilasius)、藏原羚(Procapra picticaudata)、藏雪鸡(Tetraogallus tibetanus)、高原山鹑(Perdix hodgsoniae)、猎隼(Falco cherrug)等多种珍稀野生动物。
张同作
该数据集包含了2016年至2017年之间在三江源地区的珍稀动物调查数据,记录了调查点的经纬度、样线长度、动物发现的时间、动物名称、数量、出现的位置、栖息地类型、所属科等。
胡林勇, 张同作, 张同作, 徐世晓
青藏高原冰川细菌资源库数据集提供了刘勇勤实验组在2010-2018年间分离的青藏高原7条冰川(珠峰东绒布冰川,天山一号冰川,古里雅冰川,老虎沟冰川,木孜塔格冰川,七一冰川和玉珠峰冰川),向述荣分离的马兰冰川和张新芳分离的普若岗日冰川的细菌16S核糖体RNA基因序列。冰川样品采集后带回北京青藏高原院研究所生态实验室和兰州冰冻圈国家实验室,涂布平板后于不同温度下(4-25摄氏度)培养20天-90天并挑取单菌落纯化。分离的细菌提取DNA后以27F/1492R引物扩增16S核糖体RNA基因片段,并使用Sanger法测序。16S核糖体RNA基因序列通过“Classifier”软件与RDP数据库进行比对,在可靠性大于>80%的情况下鉴定到属一级水平。 本数据包含每条序列的16S核糖体RNA基因片段序列及冰川来源。与以高通量测序为基础的序列相比,本数据的序列长度更长,分类更准确,更好的服务于冰川微生物研究。
计慕侃
南北极及青藏高原冰川雪和冰里原核微生物分布数据集提供了刘勇勤实验组在2010-2018年间从NCBI数据库收集的细菌16S核糖体RNA基因序列。 NCBI数据库搜索的关键词为Antarctic, Arctic Tibetan, Glacier.。收集的序列通过使用DOTOUR软件计算序列之间相似度,相似度在97%以上的序列聚类为一个OTU,并定义OTU代表序列。OTU代表序列通过“Classifier”软件与RDP数据库进行比对,在可靠性大于>80%的情况下鉴定到属一级水平。获得序列后,通过阅读序列文件中样品信息获得样品的GPS坐标。本数据包含每条序列的16S核糖体RNA基因片段序列,进化分类,及样品GPS坐标。本数据与以高通量测序为基础的序列相比,本数据的序列长度更长,分类更准确,对于比较三极微生物的进化信息,以及研究嗜冷微生物进化的认识有重要意义。
计慕侃
青藏高原土壤细菌多样性数据集提供了青藏高原土壤表层(0-2厘米)微生物分布特征。样品采集时间为2015年7月1日至7月15日,包含草甸,草原,荒漠3种生态系统。土壤样品用冰袋保存,运回北京青藏高原研究所生态实验室。土壤DNA通过MO BIO PowerSoil DNA试剂盒提取。土壤表层样品采集后用液氮保存,运回悉尼实验室,通过FastPrep DNA试剂盒提取。提取后的DNA样品使用515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 909r (5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')扩增16S rRNA基因片段。扩增后的片段通过Illumina Miseq PE250方式测序,原始数据通过Mothur软件分析。首先去除测序质量不佳序列,之后进行排序并去除嵌合体序列。之后计算序列之间相似度,相似度在97%以上的序列聚类为一个OTU,并定义OTU代表序列。OTU代表序列通过与Silva数据库进行比对,在可靠性大于>80%的情况下鉴定到属一级水平。本数据系统的比较了青藏高原微生物的多样性,对研究微生物在青藏高原的分布具有重大意义。
计慕侃
南北极细菌分布数据集提供了南北极细菌分布特征。样品采集时间为13/12/2005至8/12/2006,包含北极3个地区52个样品(Spitsbergen Slijeringa,Spitsbergen Vestpynten,及Alexandra Fjord_Highlands),南极5个地区171个样品(Mitchell Peninsula,Casey station main power house,Robinsons Ridge,Herring Island,Browning Peninsula)。土壤表层样品采集后用液氮保存,运回悉尼实验室,通过FastPrep DNA试剂盒提取。提取后的DNA样品使用27F (5'-GAGTTTGATCNTGGCTCA-3' and 519R (5'-GTNTTACNGCGGCKGCTG-3')扩增16S rRNA基因片段。扩增后的片段通过454方式测序,原始数据通过Mothur软件分析。首先去除测序质量不佳序列,之后进行排序并去除嵌合体序列。之后计算序列之间相似度,相似度在97%以上的序列聚类为一个OTU,并定义OTU代表序列。OTU代表序列通过与Silva数据库进行比对,在可靠性大于>80%的情况下鉴定到属一级水平。本数据系统的比较了南极东部以及北极微生物的多样性,对研究微生物在南北极的分布具有重大意义。
计慕侃
青藏高原湖水微生物多样性数据。样品采集时间为2015年7月1日至7月15日,包含28个湖泊(巴木措,白马湖,班戈盐湖,班公湖,崩错,别若则错,错萼措,错愕(平措北),达瓦措,当穹错,当惹雍措,洞措,鄂雅错琼,公珠措,果根错,甲热布错,玛旁雍错,纳木错,聂尔错(盐湖),诺尔玛措,朋彦错,蓬错,枪勇,色林错,吴如错,物玛错,扎日南木措,扎西措,),138个样品。盐度梯度为0.07-118 ppm。 DNA提取方法:湖水过滤到0.45膜上,然后通过MO BIO PowerSoil DNA试剂盒提取DNA。16S rRNA基因片段扩增引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 909r (5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')。测序方式为Illumina MiSeq PE250,原始数据通过Mothur软件分析,包括quality filtering, chimera removal, 序列分类依据Silva109数据库,古菌、真核和未知来源序列已被移除。OTU以97%相似度分类,然后只在数据库中出现一次的序列被移除。最后每个样品被重取样到7,230序列/样品。 GPS坐标,进化信息,环境因子见数据内。
计慕侃
1、1954-2012年研究区草原畜牧业生产、管理政策主要包括:1)各种政策形成与演变的时间序列;2)主要政策中与牧户畜牧活动和草原管理利用相关的关键内容。 2、居民对牧区社会经济发展政策、草原管理制度、生态补偿政策、生态恢复工程、生态环境现状的感知和响应。
赵成章
以Landsat系列数据作为主要数据源,包括1965年的KH(只包括古日乃和拐子湖两区域),1975年的MSS,1990、1995、2006和2010年的TM 以及2000年ETM共7期数据。信息提取前,对遥感影像进行了影像合成、拼接、融合、几何精校正以及图像增强等预处理工作。校正过程中,对2000年ETM+图像利用1:100,000地形图进行图像纠正并作为基准图像。影像合成选用4、3、2波段标准假彩色合成方案;纠正时,在每景图像上均匀地选择7×8个控制点,且平均定位误差小于1个像元即地面距离小于30m。其它各年数据均以2000年基准图像为参考图像进行图像配准,以使不同时相图像上的同名像元具有相同的地理坐标。纠正和配准后的整景图像保持TM的30m空间分辨率。通过野外实地订正,保证定性准确率要求达到95%以上。
肖生春
联系方式
中国科学院西北生态环境资源研究院 0931-4967287 poles@itpcas.ac.cn关注我们
时空三极环境大数据平台 © 2018-2020 陇ICP备05000491号 | All Rights Reserved | 京公网安备11010502040845号
数据中心技术支持: 数云软件