北极Barrow地区冻土土壤细菌数据集(2015)

Permafrost soil bacteria in Barrow Peninsula, Arctic (2015)


本数据包括北极Barrow地区不同年龄冻土土壤细菌物种组成数据,可用来探索土壤微生物对冻土消融的响应及不同年龄冻土的土壤细菌差异;本数据为扩增子测序结果,引物为Earth Microbiome Project 标准引物 515F–806R,扩增范围为V4区,测序平台为Illumina Hiseq PE250; 数据通过质量控制,至少达到Q30水平;本数据用于发表于Cryospshere文章Permafrost thawing exhibits a greater influence on bacterial richness and community structure than permafrost age in Arctic permafrost soils. The Cryosphere, 2020, 14, 3907–3916, https://doi.org/10.5194/tc-14-3907-2020。本数据还可用于三极土壤微生物比较分析研究


数据文件命名方式和使用方法

文件分为2类,第一为测序下机数据,文件后缀为.fq;第二类为处理后的OTU表,文件后缀为.txt。
文件命名:下机数据文件的名称为permafrost age+thaw status+replicationID.read.fq, age 为冻土年龄,包括:young (<50 years old), medium (<300 years old), old (<3000 years old)和ancient (3000–5000 years old); thaw status为冻土状态,包括permanently frozen, transition和active;replication ID为实验重复,包括1-4;read为测序方向,包括R1(正向)和R2(反向)
数据读取方式:下机数据可用文本程序(如记事本)打开,主体内容为测序碱基质量;处理后的OTU表可用MS excel打开,主题内容为基于97%序列identity的OTU表及物种分类信息。


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数据的引用

孔维栋. (2021). 北极Barrow地区冻土土壤细菌数据集(2015). 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.11888/Soil.tpdc.271248. CSTR: 18406.11.Soil.tpdc.271248.
[Kong, W. (2021). Permafrost soil bacteria in Barrow Peninsula, Arctic (2015). A Big Earth Data Platform for Three Poles, DOI: 10.11888/Soil.tpdc.271248. CSTR: 18406.11.Soil.tpdc.271248. ] (下载引用: RIS格式 | RIS英文格式 | Bibtex格式 | Bibtex英文格式 )

文章的引用

1. Ji, M., Kong, W., Liang, C., Zhou, T., Jia, H., and Dong, X. (2020). Permafrost thawing exhibits a greater influence on bacterial richness and community structure than permafrost age in Arctic permafrost soils. The Cryosphere, 14, 3907–3916, https://doi.org/10.5194/tc-14-3907-2020.( 查看 | Bibtex格式)

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资助项目

地球大数据科学工程专项时空三极环境项目(XDA19000000) (项目编号:XDA19000000) CASEarth:Big Earth Data for Three Poles(grant No. XDA19070000)

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License: This work is licensed under an Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)


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  • 时间分辨率: 年
  • 空间分辨率: <= 0.01º
  • 大小: 4,000 MB
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  • 共享方式: 保护期内
  • 数据时间描述: 5000年来
  • 元数据更新时间: 2021-04-19

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联系信息
孔维栋  

分发方: 时空三极环境大数据平台

Email: poles@itpcas.ac.cn

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