为描述青藏高原及周边地区（泛第三极地区）主要驯化动物遗传多样性的分布格局，厘清其相关遗传背景。2020年我们对266个全球家鸡血液、组织等DNA组织样品提取总DNA后建库并做全基因组测序，同时下载已公布家鸡基因组数据一共863个家鸡基因组开展群体分析，为探索泛第三极地区家鸡驯化、迁徙、扩张等群体历史事件提供基础数据，并进一步探讨驯化动物对干燥等恶劣环境的适应机理提供资料。本数据集相关文章已发表，本数据集内所有数据提供fastq，bam，vcf，snp文件在线下载。
彭旻晟
为描述青藏高原及周边地区主要驯化动物遗传多样性的分布格局，厘清其相关遗传背景，并建立相应的遗传资源库。2019年12月集中在重庆、山东、江苏、海南地区共采集重庆大足黑山羊、鲁北白山羊、海南黑山羊、徐州苏白山羊、沂蒙黑山羊共5个地方品种共254只山羊共1208份血液或组织样品，其中9只山羊心肝脾肺肾等新鲜组织RNA样品。本数据集包含样品物种、品种、详细采样地、样品类型、采集时间、采集人、保存方式等基本样品信息，以excel表形式存储。本数据集还包含品种代表个体外观照片，以jpg格式存储。
彭旻晟
为研究蔓菁的扩散与人类活动之间的关系，我们将来自青藏高原及周边区域，以及巴基斯坦，印度，尼泊尔，德国，日本等地的蔓菁品种进行重测序，同时对基因家族进行聚类，以及特有、共有基因和基因家族统计，此外还将进行基因家族扩张收缩分析，系统发育树的构建，全基因组复制事件等分析。目的是解析人类活动和区域气候环境双重压力下，高原各地的传统蔓菁品种适应高原的分子基础。因此这项研究有助于揭示蔓菁适应高原生态环境的适应性机制以及在进化过程中人工驯化和人类选择对其遗传分化的影响。
段元文
1）数据内容：西藏地区两栖爬行动物物种名录包含纲、目、科中文名、科拉丁名、属中文名、属拉丁名、种拉丁名、种中文名；2）数据来源及加工方法：基于2010至2019年间对西藏两栖爬行动物野外科考，记录该地区两栖爬行动物物种组成和分布范围；3）数据质量描述：标本的调查、采集和鉴定人员均为专业人员，样品的采集和经纬度、海拔信息经过核对，确保分布数据的质量；4）数据应用成果及前景：以西藏地区指示生物两栖爬行类为研究对象，获取关键类群的物种数量、分布相关数据，为评估生物多样性格局及制定保护策略提供科学依据。
车静
人类活动造成的全球气候变化是生物多样性的主要威胁之一，预测气候变化对物种分布的可能影响，对生物多样性保护具有重要的意义。我们通过长期野外考察和文献收集，获得了12个青藏高原独有的广布两栖爬行动物的分布数据。为保证数据质量，所有物种文献记录的分布点均有DNA测序数据。之后我们使用最大熵值法（Maxent）构建了物种分布模型，评估模型后预测了未来不同时期的物种潜在分布范围。这一结果为青藏高原生物多样性保护，青藏高原物种遗传多样性保护提供了理论支撑。
车静
1）数据内容：准噶尔盆地沙蜥属和麻蜥属物种名录及其分布数据，包含纲、目、科中文名、科拉丁名、属中文名、属拉丁名、种拉丁名、种中文名、国家、省、市县分布地；2）数据来源及加工方法：基于2007至2019年间对准噶尔盆地和干旱荒漠区两栖爬行动物野外科考，记录该地区沙蜥属和麻蜥属蜥蜴的物种组成和分布范围；3）数据质量描述：标本的调查、采集和鉴定人员均为专业人员，样品的采集和经纬度、海拔信息经过核对，确保分布数据的质量；4）数据应用成果及前景：综合分析准噶尔盆地沙蜥属和麻蜥属蜥蜴的物种多样性和分布数据，可以为为亚洲中部干旱区生物多样性编目提供重要资料，为评估生物多样性格局及制定保护策略提供科学依据。
郭宪光
基于西藏地区的钩虾物种名录及其分布基础数据库，采用分子生物学方法构建西藏地区钩虾谱系关系图。提取钩虾新鲜标本的基因组DNA，通过PCR扩增获取分子序列，应用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。每个种群选取10个个体进行简化基因组测序，构建基因组，分析种群动态。综合分析西藏地区钩虾谱系关系图，从进化、遗传的视角探讨气候环境变化对钩虾多样性的影响以及钩虾对环境变化的响应，为西藏地区生物多样性评估和生态保护提供科学依据。
侯仲娥
本技术框架旨在评估不同类型环境因素对物种分布的影响，进而改善模型预测能力，更准确地评估未来物种分布区域的变化。通过设定不同类型环境因子的组合，预测末次冰期物种分布范围。再与现在分布范围进行比较，得到不同的假定物种群体动态模型。通过遗传数据，重建物种群体进化历史，并与基于物种分布模型获得的假定群体进化历史进行比较，确定预测能力最好的环境因子组合。再利用该环境因子组合，预测未来气候变化背景下物种分布区域的可能变化。本技术框架利用物种群体历史，对气候模型进行检验，可以有效改进物种分布模型的预测能力。
车静
基于2000至2018年间对青藏高原及泛第三极野外科考基础上，记录该地区淡水甲壳动物钩虾的物种组成和分布范围。以青藏高原湖泊中的优势类群钩虾为研究对象，围绕气候环境变化对生物多样性的影响以及生物对环境变化的响应这一主题，获取青藏高原及泛第三极湖泊水系中钩虾的物种数量、分布相关数据。根据《中国动物志甲壳动物亚门端足目钩虾亚目(三）》鉴定物种，根据海拔、经纬度等信息分析物种多样性及分布格局，为评估生物多样性格局及制定保护策略提供理论依据。
侯仲娥
基于2008年至2018年在青藏高原进行的野外科考基础上，通过文献证据整理进行补充，我们获得了所有青藏高原两栖爬行类广布种群体水平的遗传数据。以这些广布物种为研究对象，围绕环境指示动物类群对气候环境变化的响应过程这一主题，我们首先分析了第四纪气候变化对物种遗传结构的影响，重建了第四纪冰期以来物种群体变化趋势，并确定了各个物种的冰期避难点。同时，构建了青藏高原两栖爬行类遗传多样性地理分布格局，确定了遗传多样性热点。这一结果对整个青藏高原生物多样性保护具有重要的意义。
车静
为研究青藏高原及周边地区主要马属驯化动物的群体演化历史和局部适应遗传机制，并建立相应的种质遗传资源库。我们对截止2018年底在青海省、西藏自治区、新疆自治区采集的青藏高原及周边地区的236份马属样本进行全基因组重测序：包括藏马、藏家驴、平原家驴、家马平原地方品种。并对75份样本（包括73份驴的样本和两份马的样本）进行线粒体基因组测序以及D-loop测序。测序产生了一批基因组学数据，为追溯该地区主要马属驯化动物的驯化、迁徙、扩张等群体历史事件，并进一步探讨马属动物对缺氧、高寒、干燥等恶劣环境的适应机理提供资料。
李艳
2018年的采集地点位于在新疆维吾尔自治区喀什地区的塔什库尔干县。塔什库尔干县是中国境内帕米尔高原所在地，这里平均海拔高于4000米，县城所在地是全县最低的位置海拔也有3100米。本次采集工作主要采集了帕米尔高原塔什库尔干保护区内家养动物黄牛、牦牛、绵羊、山羊、驴、马和家鸡共计204份，每份样品包括3-4个重复。其中每份样品有对应的样品采集信息：动物种类、性别、样品采集时间、样品采集点经纬度、海拔和采集地名称。采集的每一只/头动物均有对应的特征照片，包括头部、蹄/爪和全身。
徐峰, 汪沐阳
为描述青藏高原及周边地区主要驯化动物遗传多样性的分布格局，厘清其相关遗传背景，并建立相应的遗传资源库。2018年我们在云南省、四川省、西藏自治区共采集343份青藏高原及周边地区包含牦牛、藏猪、藏獒、绵羊、藏鸡等在内的主要驯化动物样品。并对云南西北和邻近西藏东南地区收集到的159份家鸡样本进行线粒体DNA测序；对收集到的11份野猪、藏猪、其他家猪样本进行了全基因组重测序；对前期收集到的193份家牛样本进行GBS测序。测序产生了一批遗传学和基因组学数据为追溯该地区主要驯化动物的驯化、迁徙、扩张等群体历史事件，并进一步探讨驯化动物对缺氧、高寒、干燥等恶劣环境的适应机理提供资料。
尹婷婷, 彭旻晟
对以西藏、青海为主的青藏高原覆盖地区的家养动物（牦牛、藏羊、骆驼、马等共405份粪便样品）进行隐孢子虫（Cryptosporidium spp.）和微孢子虫（E. bieneusi）进行了巢式PCR检测。1、 隐孢子虫的总体感染率为2.96%（12/405），在青海地区的骆驼、藏羊和牦牛中的检出率分为15%、9.8%及3.1%。在云南地区的牦牛中检测率为3.1%。而西藏和云南地区的其他家养动物中未检出。青海骆驼中检出两种隐孢子虫亚种，其中C.bovis亚型为首次在骆驼中检出；在云南牦牛中首次检出C.ryanae亚型。 微孢子虫（E. bieneusi）在青藏高原地区家养动物中的总体检出率为19.75%（80/405），共检出9种已知亚型和一种新亚型（YN）。其中检出率最高的为青海地区骆驼（45%），其次为蒙古羊（42.1%）、牦牛（37.5%）、马（15.62%）、藏羊（7.3%）。而西藏地区藏羊的检出率为10.8%。云南地区中山羊和黄牛中的检出率分别为36%和25.7%。在青海马中首次检测出CAM2亚型，牦牛中首次检测到CAM1亚型；云南黄牛中检测一种新亚型YN。
张志超, 段子渊
基于2007至2018年间对青藏高原和干旱荒漠区野外科考基础上，通过与国内外同行合作，进一步加强信息采集，记录青藏高原与邻近阿拉善荒漠沙蜥属和麻蜥属蜥蜴的物种组成和分布范围。以亚洲内陆干旱区环境指示生物爬行类的代表属：沙蜥属和麻蜥属为研究对象，围绕气候环境变化对生物多样性的影响以及生物对环境变以化的响应这一主题，获取青藏高原与邻近阿拉善荒漠沙蜥属和麻蜥属蜥蜴的物种数量、分布相关数据。根据经纬度可以分析物种多样性及分布格局，为评估生物多样性格局及制定保护策略提供理论依据。
郭宪光
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0931-4967287
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