2020年4月至2020年8月子子课题3采集了分布于青海省海西蒙古族藏族自治州州海晏县的青海细毛羊耳组织样品51份、海南藏族自治州同德县的欧拉羊血液样品50份、海南藏族自治州同德县的牦牛血液样品50份、西宁市大通回族土族自治县的海东驴血液样品60份,组织样品共计211份。同时,记录了个体的体长、体高、体重、年龄、性别等信息,以及产羔数、毛细度、毛长等经济性状数据,拍摄了个体照片,并通过问卷调查的方式获得了饲养方式、疫病情况等信息。
田菲
为了解析蔓菁如何、何时进入青藏高原,探讨蔓菁在青藏高原传播与驯化与早期人类活动的高原定居和古丝绸交流之间的关系,2018年6月,课题组利用三代基因组测序技术,对青海省囊谦县的蔓菁自交F1代品种进行全基因组测序和De Novo组装,得到组装基因组大小为409.69 Mb,Contig N50为1.21 Mb。这一结果可为研究植物扩散与人类活动之间的关系提供遗传基础。同时,这项研究有助于揭示人工驯化和人类选择对蔓菁的遗传分化的影响,以及蔓菁适应高原生态环境的适应性机制。
段元文
2018年产生的蔓菁基因组序列,经过Hi-C测序后的生物信息学分析可以实现将初步组装的基因组草图中的大部分序列定位到染色体,并能够确定这些序列在染色体上的顺序和方向,为获得高质量的序列图谱奠定重要的基础。故课题组通过该技术把蔓菁基因组序列草图中的序列分别划分到同该物种染色体数目一致的群组(Group)中,并且确定每一群组中所有序列的顺序(Order)及方向(Orientation),之后可以结合参考蔓菁基因组、转录组组装序列(EST序列)、近缘物种及遗传图谱数据对划分群组的准确性及序列之间的顺序和方向进行评估。
段元文
为描述青藏高原及周边地区(泛第三极地区)主要驯化动物遗传多样性的分布格局,厘清其相关遗传背景。2020年我们对201个全球家鸡血液、组织等DNA组织样品提取总DNA后建库并做全基因组测序,同时下载已公布家鸡基因组数据一共863个家鸡基因组开展群体分析,为探索泛第三极地区家鸡驯化、迁徙、扩张等群体历史事件提供基础数据,并进一步探讨驯化动物对干燥等恶劣环境的适应机理提供资料。本数据集相关文章已发表,本数据集内所有数据提供fastq,bam,vcf,snp文件在线下载。
彭旻晟
为描述青藏高原及周边地区主要驯化动物遗传多样性的分布格局,厘清其相关遗传背景,并建立相应的遗传资源库。2019年12月集中在重庆、山东、江苏、海南地区共采集重庆大足黑山羊、鲁北白山羊、海南黑山羊、徐州苏白山羊、沂蒙黑山羊共5个地方品种共254只山羊共1208份血液或组织样品,其中9只山羊心肝脾肺肾等新鲜组织RNA样品。本数据集包含样品物种、品种、详细采样地、样品类型、采集时间、采集人、保存方式等基本样品信息,以excel表形式存储。本数据集还包含品种代表个体外观照片,以jpg格式存储。
彭旻晟
1)数据内容:青藏高原气候变化背景下钩虾预测图;2)数据来源及加工方法:基于西藏地区的钩虾物种名录及其分布基础数据库:包括经纬度、海拔,运用ArcView、Maxent软件制作青藏高原钩虾现在、Mid-Holocene和LGM时期预测图;3)数据质量描述:样品的采集和经纬度、海拔信息经过核对,确保分布数据的质量,分析人员均经过实验室的严格培训;4)数据应用成果及前景:综合分析西藏地区钩虾分布数据、物种多样性和遗传多样性,从进化、遗传的视角探讨气候环境变化对钩虾多样性的影响以及钩虾对环境变化的响应,为西藏地区生物多样性评估和生态保护提供科学依据。
侯仲娥
“一带一路”沿线国家土地资源承载力限制性分类/分区数据内容包括: 1.基于人粮平衡的土地资源承载力限制性分类/分区数据; 2.基于当量平衡的土地资源承载力限制性分类/分区数据,分为基于热量供需平衡和蛋白质供需两类。 数据来源:基于FAO食物生产/消费数据和土地资源承载力模型获得。 数据应用:可以从耕地资源到土地资源对沿线国家的人地关系进行判读,为优化区域功能配置,完善建设空间布局提供科学指导和决策依据。
杨艳昭
本数据集为喜马拉雅山地区重大地质灾害统计数据集,研究区西起阿里地区札达县、葛尔县,东侧以雅鲁藏布江为界,北界为雅鲁藏布江大断裂,南至国界的广大喜马拉雅山地区。喜马拉雅山位于我国的西南边陲,青藏高原的西南,是世界上最大、最高、最年轻的山脉,世界第一高峰珠穆朗玛峰就坐落在这里。这里地质构造复杂、地震活动频发,新构造运动强烈,内外动力地质作用异常活跃,是我国地质灾害最严重的地区之一。该数据集原始数据数字化自《喜马拉雅山地区重大地质灾害遥感调查报告》一书,灾害统计总计540余处,包含滑坡、泥石流和冰川终碛湖溃决三种灾害类型。本数据集对于研究西藏喜马拉雅山地区减灾防灾工作提供了基础数据,对于相关领域的研究具有参考价值。
童立强
为研究蔓菁的扩散与人类活动之间的关系,我们将来自青藏高原及周边区域,以及巴基斯坦,印度,尼泊尔,德国,日本等地的蔓菁品种进行重测序,同时对基因家族进行聚类,以及特有、共有基因和基因家族统计,此外还将进行基因家族扩张收缩分析,系统发育树的构建,全基因组复制事件等分析。目的是解析人类活动和区域气候环境双重压力下,高原各地的传统蔓菁品种适应高原的分子基础。因此这项研究有助于揭示蔓菁适应高原生态环境的适应性机制以及在进化过程中人工驯化和人类选择对其遗传分化的影响。
段元文
数据内容:包含青藏高原湖泊采集点,钩虾遗传多样性图,项目对青藏高原及其周边地区620个溪流湖泊开展钩虾样品采集并开展了遗传多样性研究,以期为青藏高原湖泊水资源和生物多样性保护提供基础资料。 数据来源及加工方法:本数据集为第一手数据,自主产生。本数据集中标本采集点为项目组2017至2020年在青藏高原开展了4次采集考察所获得。分子数据是对采集标本提取COI序列,作为分子证据,开展遗传多样性分析;主要仪器为PCR仪,型号为Mastercycler X50s,厂家为eppendorf。 数据质量描述:数据集基本覆盖了青藏高原,并增加青藏高原周边地区的样品。 数据应用成果及前景:为生物多样性保护提供基础数据。
侯仲娥
数据内容:国内生产总值(GDP) 年度统计(1990-2019)、国内生产总值(GDP) 季度累计统计(1990-2019)及地区生产总值(2010-2019) 数据来源及加工方法:从世界银行官方网站、新浪网获取2015-2019年中国地区(包括第三极)宏观经济原始数据,通过数据整理、筛选及清洗得到1990-2019年中国地区(包括第三极)宏观经济数据集,数据以Microsoft Excel (xlsx)格式存储。
傅文学
数据内容:对外经济贸易_货物进出口总额(1952-2019) 及对外经济贸易_按贸易分进出口总额(1981-2019) 数据来源及加工方法:从世界银行官方网站、新浪网获取2015-2019年中国地区(包括第三极)对外贸易及投资原始数据,通过数据整理、筛选及清洗得到1952-2019年中国地区(包括第三极)对外贸易及投资数据集,数据起始时间为1952年至2019年,Microsoft Excel (xlsx)格式。
傅文学
数据内容:国民经济_工业增加值(月度)(2010-2019) 数据来源及加工方法:从世界银行官方网站、新浪网获取2015-2019年中国地区(包括第三极)工业经济原始数据,通过数据整理、筛选及清洗得到2010-2019年中国地区(包括第三极)工业经济数据集,数据起始时间为2010年至2019年,Microsoft Excel (xlsx)格式。
傅文学
为描述青藏高原及周边地区主要驯化动物遗传多样性的分布格局,厘清其相关遗传背景,并建立相应的遗传资源库。2020年集中在新疆维吾尔自治区伊犁地区共采集209个共707份当地主要驯化动物血液或、组织、粪便样品,其中包括12匹马心肝脾肺肾等RNA样品。本数据集包含新疆伊犁地区绵羊、家马、黄牛、家犬、家鸡、家鹅、山羊等物种的物种、品种、详细采样地、样品类型、采集时间、采集人、保存方式等基本样品信息,以excel表形式存储。本数据集还包含采样个体外观照片,以jpg格式存储。
徐峰
为描述青藏高原及周边地区(泛第三极地区)主要驯化动物遗传多样性的分布格局,厘清其相关遗传背景。2020年我们选取31个肯尼亚当地商品鸡和土鸡肾、脾、空肠RNA组织样品,提取总RNA后建库并做转录组测序。测序产生了一批180G转录组测序原始数据。为探索泛第三极地区家鸡驯化、迁徙、扩张等群体历史事件提供基础数据,并进一步探讨驯化动物对干燥等恶劣环境的适应机理提供资料。本数据集包含31个家鸡个体物种、品种、性别、表型等基本样品信息excel表,和31个家鸡个体3种组织转录组测序原始数据及MD5值。
彭旻晟
泛第三极历史极端降水数据集包括了2000-2018年极端降水识别数据。该数据集以GPM IMERG Final Run(GPM)日值降雨数据为基础,评估了一带一路重要节点区域的降雨量,用百分位法评估了34个重要节点的极端降水阈值,并运用计算出的阈值识别出了发生极端降水的日期,以此为基础制作了极端降水发生时地表的淹没范围。 数据范围主要是泛第三极34个关键节点(万象、亚历山大、仰光、加尔各答、华沙、卡拉奇、叶卡婕琳堡、吉大港、吉布提等国家) 该数据集可以为当地政府部门决策提供依据,以便正确识别极端降水,降低极端降水所带来的生命财产损失。
何雨枫
本数据集为2019年祁连山地区人类活动数据。以祁连山地区的矿山开采、违规房屋整改、新增道路、土地平整及生态修复等资料为基础,通过高分辨率遥感影像,对比统计前后变化地块。对祁连山地区地类发生变化的地块,逐块调查核实;对判图可疑的地块,重新判读验证;对影像无法反映的地类,实地核实地类,采集相关数据,核对并修正位置。同时进一步核对2019年祁连山地区矿山开采、违规房屋整改、新增道路、土地平整及生态修复等属性信息,统一进行图斑及其属性的录入和编辑,形成2019年祁连山地区人类活动数据集,实现祁连山地区生态治理的现势性和时效性,为2019年祁连山人类活动监测提供数据支撑。
祁元, 张金龙, 周圣明, 李娜, 王宏伟
本数据集包含国际脆弱生态系统国家公园遴选标准及其数据库,选取美国、加拿大、澳大利亚、新西兰、挪威、瑞典、南非、坦桑尼亚等典型国为代表,具体内容包括: 表一包括:不同级别的遴选标准,其中包括第一层级的指标4个,第二层级的指标16个,第三层级的指标72个; 表二包括:美国、加拿大、澳大利亚、新西兰、挪威、瑞典、南非、坦桑尼亚等典型国家的国家公园清单及相关信息,选取指标包括所属国家、国家公园名称、受保护时间与监理时间、面积、描述、IUCN管理类型、治理类型、管理机构、国际标准。
裴惠娟
为研究蔓菁的扩散与人类活动之间的关系,我们将来自青藏高原及周边区域,以及巴基斯坦,印度,尼泊尔,德国,日本等地的蔓菁品种进行重测序,同时对基因家族进行聚类,以及特有、共有基因和基因家族统计,此外还将进行基因家族扩张收缩分析,系统发育树的构建,全基因组复制事件等分析。目的是解析人类活动和区域气候环境双重压力下,高原各地的传统蔓菁品种适应高原的分子基础。因此这项研究有助于揭示蔓菁适应高原生态环境的适应性机制以及在进化过程中人工驯化和人类选择对其遗传分化的影响。
段元文
为描述青藏高原及周边地区主要驯化动物遗传多样性的分布格局,厘清其相关遗传背景,并建立相应的遗传资源库。2019年集中在西藏自治区林芝地区察隅县共采集187份当地主要驯化动物样血液或、组织、粪便等品。本数据集包含西藏林芝察隅县家鸡、家猪、黄牛、家马、家犬、犏牛等的物种、品种、详细采样地、样品类型、采集时间、采集人、保存方式等基本样品信息,以excel表形式存储。本数据集还包含采样个体外观照片,以jpg格式存储。
彭旻晟, 尹婷婷
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