为整合泛第三极家鸡数据，建设“全球家鸡基因组数据库（Chicken2K）”，为国际家鸡起源驯化选择研究提供基础数据，为家鸡新品种选育改良提供科学指导。2022年本子课题与中国西南野生生物种质资源库（动物种质资源库）合作，申请使用库内近年采集保藏的东南亚地区家养动物遗传样本，挑选代表性个体开展遗传多样性评估。本数据集包含动物种质资源库馆藏的东南亚国家（老挝、泰国、缅甸、越南）家鸡及红原鸡血液、组织样品信息共224份。本数据集包含样品物种、品种、详细采样地、样品类型、采集时间、采集人、保存方式等基本样品信息，以excel表形式存储。
彭旻晟
生物多样性（biodiversity）是生物及其环境形成的生态复合体以及与此相关的各种生态过程的总和，表现在生命系统的各个组织水平上，包括遗传多样性、物种多样性以及生态系统多样性三个层次。生境质量越高，生物栖息地环境越好，生物多样性越高，在部分研究中采用生境质量指数来表征生物多样性（肖强 et al. 2014）。生境质量指数（Habitat Quality，HQ）是对区域土地利用类型的生境适宜性和生境退化程度状况进行评价的一个无量纲综合性指标，以耕地、道路、城镇和河流作为生境胁迫因子，打分形成敏感性参数。针对生物多样性产品生产，基于土地利用数据和InVEST模型进行了国家屏障区生态系统生物多样性建模研究。InVEST模型具有输入数据量少、导出数据量大、对抽象生态系统服务功能进行定量分析等优点，是当前生物多样性评估的重要手段。基于青藏高原地区土地利用的实际情况，选取水田、旱地、城镇用地、农村居民点和其他建设用地这5种人类活动影响极大的土地利用类型作为威胁因子。将土地利用数据作为InVEST模型的输入变量，基于参数化模型实现对青藏高原2000-2020年1km分辨率的陆地生物多样性估算。
王晓峰
调查并收集青藏高原及周边地区的蔓菁种质资源，进行同质园实验获得表型数据，利用基因组测序技术获得数据文库并构建高质量参考基因组。使用重测序技术对蔓菁群体进行结构分析，结合早期人类迁徙及扩散路线对蔓菁在青藏高原现代地理分布格局形成的历史过程进行探究。与表型数据进行关联分析，对蔓菁现代居群适应性机制进行解析。从全基因组层面上理解泛第三极的环境差异以及不同地区人类活动和文化差异对青藏高原植物迁徙、适应及驯化的影响。
段元文
调查并收集青藏高原及周边地区的蔓菁种质资源，进行同质园实验获得表型数据，利用基因组测序技术获得数据文库并构建高质量参考基因组。使用重测序技术对蔓菁群体进行结构分析，结合早期人类迁徙及扩散路线对蔓菁在青藏高原现代地理分布格局形成的历史过程进行探究。与表型数据进行关联分析，对蔓菁现代居群适应性机制进行解析。从全基因组层面上理解泛第三极的环境差异以及不同地区人类活动和文化差异对青藏高原植物迁徙、适应及驯化的影响。
段元文
调查并收集青藏高原及周边地区的蔓菁种质资源，进行同质园实验获得表型数据，利用基因组测序技术获得数据文库并构建高质量参考基因组。使用重测序技术对蔓菁群体进行结构分析，结合早期人类迁徙及扩散路线对蔓菁在青藏高原现代地理分布格局形成的历史过程进行探究。与表型数据进行关联分析，对蔓菁现代居群适应性机制进行解析。从全基因组层面上理解泛第三极的环境差异以及不同地区人类活动和文化差异对青藏高原植物迁徙、适应及驯化的影响。
段元文
为描述青藏高原及周边地区（泛第三极地区）主要驯化动物遗传多样性的分布格局，厘清其相关遗传背景。2020年我们对266个全球家鸡血液、组织等DNA组织样品提取总DNA后建库并做全基因组测序，同时下载已公布家鸡基因组数据一共863个家鸡基因组开展群体分析，为探索泛第三极地区家鸡驯化、迁徙、扩张等群体历史事件提供基础数据，并进一步探讨驯化动物对干燥等恶劣环境的适应机理提供资料。本数据集相关文章已发表，本数据集内所有数据提供fastq，bam，vcf，snp文件在线下载。
彭旻晟
裸大麦，西藏称青稞，它是西藏高原的主要农作物，藏族人民的主要食粮。其种植历史悠久，播种面积最大，分布范围最广，种植上限最高。就全自治区而言，常年的播种面积和总产量都占作物总播种面积和粮食总产量的一半以上。在海拔4200米以下的河谷地区，占当地作物播种面积的30—50%。在海拔4200—4500米的高寒农区，占当地作物播种面积的70—90%。在海拔4500米以上的农业点，裸大麦几乎是唯一的农作物。西藏裸大麦具有较强的耐寒、耐旱性，适应高原气候条件，自海拔1000多米至4500米左右广大的农区、农牧交错区都有分布，目前种植的上限达到4750米，是西藏作物分布的最高上限。1974年青藏高原综合科学考察队从四川进藏，沿途进行了线路考察。在昌都地区察雅县吉塘区调查野生大麦时，藏族社员提供了半野生小麦的情况，它是一种在形态上很象小麦，而在成熟时穗轴断裂的一种小麦，一般是做为田间杂草混杂在青稞与小麦田间。采集了植株标本和种子。当考察队到达西藏自治区农科所时，得知自治区农科所程天庆、董玉鳌同志1962年曾在山南地区隆子县三安曲林采集到一种成熟时穗轴折断的小麦，它和我们在西藏其它地区采集到的材料同属于一个类型。随后，在日喀则地区农科所，谭昌华同志讲他在仁布县也看到过这种在成熟时穗轴折断的小麦。除了上述地区，这一年的考察中，还在山南加查县、贡嘎县、隆子县附近发现了这种野生小麦。目前已知的分布地区包括了澜沧江流域，雅鲁藏布江流域和隆子河流域。
路季梅
西藏的农业集中分布在藏南雅鲁藏布江流域和藏东怒江、澜沧江、金沙江流域的河谷地带。河谷农区的耕地面积占全自治区耕地总面积的75%，粮食产量占全自治区粮食总产量的80%以上。小麦、裸大麦（西藏称青稞）是西藏自治区主要的粮食作物，常年播种面积占粮食总播面积的80%以上，而河谷农区的小麦、裸大麦，又占全自治区小麦、裸大麦播种面积的75%和总产的82%。河谷农区处于北纬28-31°之间，海拔在2700—4100米范围内，属于高原温带气候，土壤、水利条件较好，作物产量较高。但是解放前在黑暗的封建农奴制度下，人民生活极端贫困，农业生产十分落后，粮食亩产仅百余斤。解放后，特别是1972年以来，在河谷农区大面积推广冬小麦，促进了耕作制度的变革，粮食产量显著上升。1975年全区粮食总产比1965年增长50%以上，比民主改革前的1958年增长1.5倍以上。1977年全区冬麦播种面积近70万亩，约占粮食播种面积的20%。冬小麦种植范围已由原来的海拔3000米以下地区，扩展到海拔4100米以下的广大地区，西藏高原已由历史上的春麦区，发展成为春麦、冬麦兼种区。1977年河谷农区冬小麦的平均亩产超过了400斤，裸大麦、春小麦的平均亩产亦达300斤，各地还出现了一批小麦、棵大麦亩产千斤以上的高产田块，最高亩产量达到1673斤。
路季梅
一定的水热状况和土壤条件是作物生长的基础，西藏高原地域广大，不同地区的海拔高度与地表形态的变化极为复杂，高原气候与土壤产生明显的空间变化，因而耕地与作物分布具有很大的地区性。西藏境内有着东西向和南北向的两组高大山脉，构成高原的基本骨架。高山之间分布着辽阔的高原，并有许多低山、丘陵、湖盆与河谷镶嵌其间，全区总的地势自东南向西北逐渐拾升，东南部的海拔较低，西部、北部的海拔较高。雄伟的喜马拉雅山矗立在南部和西部的中印、中尼、中锡、中不、中巴边界上，全长2400公里，山体宽200-300公里，平均海拔在6000米以上，构成了青藏高原南部的天然屏障。孟加拉湾的暖湿气流受山体阻隔，喜马拉雅山南坡的气侯温暖湿润，喜马拉雅山北麓的气候温凉干燥，南坡、北麓形成两个不同的气侯区域。喜马拉雅山南侧山地河流深切，为高山峡谷地貌。谷地海拔多在3000米以下，气候暖热、湿润。土壤类型丰富，主要有山地黄壤、山地棕壤、山地褐土和高山草甸土等，土壤呈酸性至中性反应，含有较丰富的腐殖质，含氮量较高，质地较粗，通透性好。地表径流丰富，水利灌溉条件较优。但由于地形限制，土地大多因坡度大于25度而不能利用，多为森林所覆盖。耕地主要分布在海拔4000米以下的沿河谷地上，面积很有限。
路季梅
为系统调查西藏墨脱及周边地区昆虫物种，分析昆虫多样性分布格局，本子课题（2019QZKK05010101）在西藏墨脱及周边地区使用陷阱法、网扫法、灯诱法、马来氏网法等方法采集鞘翅目、膜翅目、鳞翅目、双翅目、半翅目等代表性昆虫类群，录入昆虫标本信息，拍摄昆虫图片和视频资料。本数据集包含自2019年7月至2020年9月在西藏墨脱县、波密县、察隅县、林芝市、米林县地区采集的11272份昆虫标本信息。其中包括采集地、采集时间、经纬度、海拔、分类学名称等信息，实体标本保存于国家动物博物馆。
梁红斌
平原人群入藏后往往出现高原反应。为深入解析高原反应及高原习服过程中的基因组表达谱变化模式。基于mRNA转录组测序方法，我们目前已获得46个个体入藏前（采集地：重庆）的转录组测序数据。 我们首先采集46名平原汉族个体的外周血样本，并用红细胞裂解液（Tiangen）处理外周血，4000 rpm离心10 min，分离提取白细胞，使用TRIzol法提取每个样本的总RNA，然后使用Poly（A）捕获法构建了46个文库。Poly(A)+ mRNA文库用oligo（dT）珠从每个样本的1 g总RNA中分离。RNA-seq文库的构建按照TruSeq RNA文库制备方案进行，并使用Novaseq平台对46个RNA文库进行双端测序，测序结果为150-bp reads的fastq文件，每个样本数据量均超过6.0 Gbp。 平原人群入藏前的转录组数据，可作为入藏后的基线数据。通过比较分析平原人群入藏前后的转录组数据，筛选入藏前后的显著差异表达基因，并注释差异表达基因调控的生物学功能，可深入解析高原反应及高原习服过程中的基因表达变化模式及功能调控网络机制。
孔庆鹏
第二次青藏高原综合科学考察研究任务五专题一“高原动物多样性保护和可持续利用”（2019QZKK0501）第二年度（2020年底至2021年）采集的动物标本、组织样本、DNA条码样品等实体样品信息。所有数据按课题、子课题整理，文件夹按课题号、子课题号命名。每个文件夹包含1个数据集规范表，1个或多个标本信息表，1个或多个组织样品信息表。每个信息表包含子课题编号、物种、采集地、采集时间、采集人、样品类型、保存方式等信息。
青藏高原动物资源共享平台
“西南高山峡谷哺乳动物物种与分布数据库”包含横断山区哺乳动物名录、物种保护信息和国内分布信息。名录包含科名、属名、物种名；保护信息包含国家重点保护野生动物等级（2021）、CITES附录（2019）、IUCN红色名录（2021）、中国物种红色名录（2021）；分布信息包括是否为中国特有种和物种在国内分布的省区。数据来源于中国科学院昆明动物研究所馆藏标本、项目执行期采集的标本、拍摄的红外相机照片、文献等。数据质量可靠。该数据库可为西南高山峡谷地区哺乳动物的研究和保护提供基础数据支撑。
李权
本数据库为西南高山峡谷两栖爬行动物物种名录及其分布数据，包括本区域近300种两栖爬行动物的9544条分布记录。本数据库的物种分布信息主要获取自野外第一手数据及国内外著名动物网站，如物种2000。此数据主要涉及本地区两栖爬行动物的物种名、目科属名、省市县、小地名、经纬度、海拔等信息。此数据可用于探讨西南高山峡谷的两栖爬行动物区系、区划，亦为西南地区乃至东南亚地区的两栖爬行动物多样性、生态系统等研究奠定了坚实基础。
江建平
西南高山峡谷区是世界上生物多样性热点区域之一，建立生物-气候-地理数据库是研究该区域生物多样性的分布格局和形成原因的前提。在项目组提供的本区域7千余种植物分布信息的基础上，结合气候数据（来源于NCEP Reanalysis Products，https://psl.noaa.gov/data/gridded/data.ncep.reanalysis.surface.html, 1950-2020年平均值)，建立西南高山峡谷区生物多样性生态环境综合数据库。生物数据包括动植物科属种名称、采集地经纬度信息等，地理数据包含海拔和坡度，气候数据包括降雨量和气温在内的24个指标。本数据库对研究该区域生物多样性分布规律、现状、形成机制和保育网络规划等提供支撑。
何洪鸣, 赵宏飞, 黄先寒
对雅鲁藏布江中、上游干流及年楚河、多雄藏布、来乌藏布等支流区域展开调查，涉及西藏日喀则市南木林、江孜、亚东、吉隆、萨嘎、仲巴等县。在以往人类活动的空白区如错戳龙湖、多庆湖、仲珠谷、罗垄沟等多个地点发现新的人类活动遗迹点，在30余处地点采集到人类活动的重要石器证据，材质包括黑曜石、碧玉岩、水晶等。后续将通过类型学对这些石器的工艺和来源进行进一步分析，为揭示雅鲁藏布江中上游区域史前人类活动历史的时空变化及与周边文化技术交流情况具有重要意义。
杨晓燕, 高玉
为描述青藏高原及周边地区主要驯化动物遗传多样性的分布格局，厘清其相关遗传背景，并建立相应的遗传资源库。我们于2021年在云南省采集了大额牛（独龙牛）血液、心脏、肝脏、脾脏、肺、肾、肌肉、脂肪、大肠、小肠、胃、睾丸组织17个个体共267份酒精、RNAlater保存或液氮冻存样品。本数据集包含样品物种、品种、详细采样地、性别、样品类型、采集时间、采集人、保存方式等基本样品信息，以及个体照片。实体样品保存于中国西南野生生物种质资源库动物种质资源库。
李艳
1）数据内容：面对未来气候变化青藏高原10种两栖类爬行类遗传多样性的变化。2）数据来源及加工方法：基于青藏高原10种两栖爬行类条形码数据，结合SDM、MPTP approach等软件构建未来2050年、2070年、2090年等时期的遗传多样性及分布情况。3）数据质量描述：数据质量经过核查，分析数据人员经过实验室严格培训。4）数据应用成果及前景：发现分布于青藏高原北部的两栖爬行类需要在保护上给与更多的关注。
沈文菁
利用野外调查和文献调研收集到的青海沙蜥（Phrynocephalus vlangalii）分布点，结合五个来自于WorldClim数据库的气候因子，分别将当前（1960-1990年）和未来（2061-2080年）的气候数据输入训练好的物种分布模型，对当前和未来的适宜栖息地进行预测。预测结果表明，在青海沙蜥在气候变化下将会丧失大量原有栖息地，针对青海沙蜥的保护措施应重点关注青藏高原东缘，柴达木盆地北部和东部这些地区。模型也预测在气候变化后，新的适宜栖息地将在原本不适宜青海沙蜥生存的地区出现。然而，由于爬行动物的扩散能力非常有限（文献记录的最大年扩散距离不足500m），新出现的适宜栖息地不一定能被青海沙蜥利用。同时，通过野外工作收集三个海拔种群青海沙蜥的生理、生活史、行为及形态数据并结合微气候数据，利用机制生态位模型预测了气候变化在当前适宜分布区对青海沙蜥造成的生理后果。模型预测的结果表明，无论在SSP245还是SSP585气候变化情景下，青海沙蜥的活动时间在当前适宜分布区的大部分范围（> 93%）内都会增加，热安全阈在当前适宜分布区的所有地点都会减少。高海拔种群的活动时间增幅小于低海拔种群，而其热安全阈减少的幅度却大于低海拔种群。研究结果揭示了气候变化可能对分布在高海拔地区的蜥蜴种群造成更大影响。
曾治高
1）数据内容：柴达木盆地沙蜥属和麻蜥属物种名录及其分布数据，包含纲、目、科中文名、科拉丁名、属中文名、属拉丁名、种拉丁名、种中文名、国家、省、市县、镇乡等分布地；2）数据来源及加工方法：基于2007至2021年间对柴达木盆地干旱荒漠区两栖爬行动物野外科考，记录该地区沙蜥属和麻蜥属蜥蜴的物种组成和分布范围；3）数据质量描述：标本的调查、采集和鉴定人员均为专业人员，样品的采集信息经过核对，确保分布数据的质量；4）数据应用成果及前景：综合分析柴达木盆地沙蜥属和麻蜥属蜥蜴的物种多样性和分布数据，可以为西北荒漠区及亚洲中部干旱区生物多样性编目提供重要资料，为评估生物多样性格局及制定保护策略提供科学依据。
郭宪光
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0931-4967287
poles@itpcas.ac.cn
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