现生人群胎盘样本的单细胞转录组测序数据

RNA-seq data of human umbilical vein endothelial cell samples


1) 数据内容:该数据是项目实施过程中产生的高原藏族与平原汉族人群的胎盘转录组数据,包括3例高原藏族脐带内皮细胞RNA-seq数据与3例平原汉族胎盘组织脐带内皮细胞RNA-seq数据,每个RNA-seq数据量为6G测序深度,可以用来研究高原藏族人群与平原汉族人群对高原低氧环境的基因表达差异模式。

2)数据来源及加工方法:课题组自有数据,利用illumina X-ten 测序平台Pair-end 150bp建库测序方法。

3)数据质量:6G数据量,Q30>90%。

4)数据应用成果及前景:数据用于在细胞水平验证高原低氧适应基因对低氧环境的基因表达变化模式。


数据文件命名方式和使用方法

A表示藏族适应性细胞株;W表示汉族野生型细胞株。


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数据的引用

祁学斌. (2020). 现生人群胎盘样本的单细胞转录组测序数据. 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.11888/Ecolo.tpdc.270375. CSTR: 18406.11.Ecolo.tpdc.270375.
[Qi, X. (2020). RNA-seq data of human umbilical vein endothelial cell samples. A Big Earth Data Platform for Three Poles, DOI: 10.11888/Ecolo.tpdc.270375. CSTR: 18406.11.Ecolo.tpdc.270375. ] (下载引用: RIS格式 | RIS英文格式 | Bibtex格式 | Bibtex英文格式 )

文章的引用

1. Peng, Y., Cui, C., He, Y., Ouzhuluobu, Zhang, H., Yang, D., Zhang, Q., Bianbazhuoma, Yang, L., He, Y., Xiang, K., Zhang, X., Bhandari, S., Shi, P., Yangla, Dejiquzong, Baimakangzhuo, Duojizhuoma, Pan, Y., Cirenyangji, Baimayangji, Gonggalanzi, Bai, C., Bianba, Basang, Ciwangsangbu, Xu, S., Chen, H., Liu, S., Wu, T., Qi, X. & Su, B. (2017). Down-regulation of EPAS1 transcription and genetic adaptation of Tibetans to high-altitude hypoxia. Mol Biol Evol 34, 818-830.( 查看 | Bibtex格式)

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资助项目

泛第三极环境变化与绿色丝绸之路建设专项(XDA20000000) (项目编号:XDA20000000) Pan-Third Pole Environment Study for a Green Silk Road-A CAS Strategic Priority A Program

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  • 数据时间描述: 2018
  • 元数据更新时间: 2021-04-19

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联系信息
祁学斌  

分发方: 时空三极环境大数据平台

Email: poles@itpcas.ac.cn

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