青藏高原土壤细菌多样性调查(V1.0)(2015)

Bacteria distribution in Tibetan soils (version 1.0) (2015)


青藏高原土壤细菌多样性数据集提供了青藏高原土壤表层(0-2厘米)微生物分布特征。样品采集时间为2015年7月1日至7月15日,包含草甸,草原,荒漠3种生态系统。土壤样品用冰袋保存,运回北京青藏高原研究所生态实验室。土壤DNA通过MO BIO PowerSoil DNA试剂盒提取。土壤表层样品采集后用液氮保存,运回悉尼实验室,通过FastPrep DNA试剂盒提取。提取后的DNA样品使用515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 909r (5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')扩增16S rRNA基因片段。扩增后的片段通过Illumina Miseq PE250方式测序,原始数据通过Mothur软件分析。首先去除测序质量不佳序列,之后进行排序并去除嵌合体序列。之后计算序列之间相似度,相似度在97%以上的序列聚类为一个OTU,并定义OTU代表序列。OTU代表序列通过与Silva数据库进行比对,在可靠性大于>80%的情况下鉴定到属一级水平。本数据系统的比较了青藏高原微生物的多样性,对研究微生物在青藏高原的分布具有重大意义。


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数据的引用

计慕侃. (2018). 青藏高原土壤细菌多样性调查(V1.0)(2015). 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.11888/Ecol.tpe.00000076.file. CSTR: 18406.11.Ecol.tpe.00000076.file.
[Ji, M. (2018). Bacteria distribution in Tibetan soils (version 1.0) (2015). A Big Earth Data Platform for Three Poles, DOI: 10.11888/Ecol.tpe.00000076.file. CSTR: 18406.11.Ecol.tpe.00000076.file. ] (下载引用: RIS格式 | RIS英文格式 | Bibtex格式 | Bibtex英文格式 )

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资助项目

地球大数据科学工程专项时空三极环境项目(XDA19000000) (项目编号:XDA19000000) CASEarth:Big Earth Data for Three Poles(grant No. XDA19070000)

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  • 下载量: 454 次
  • 共享方式: 开放获取
  • 数据时间范围: 2015-07-10 至 2017-07-24
  • 元数据更新时间: 2021-04-19
联系信息
计慕侃  

分发方: 时空三极环境大数据平台

Email: poles@itpcas.ac.cn

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