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蔓菁基因组序列，经过Hi-C测序后的生物信息学分析可以实现将初步组装的基因组草图中的大部分序列定位到染色体，并能够确定这些序列在染色体上的顺序和方向，为获得高质量的序列图谱奠定重要的基础。故课题组通过该技术把蔓菁基因组序列草图中的序列分别划分到同该物种染色体数目一致的群组（Group）中，并且确定每一群组中所有序列的顺序（Order）及方向（Orientation），之后可以结合参考蔓菁基因组、转录组组装序列（EST序列）、近缘物种及遗传图谱数据对划分群组的准确性及序列之间的顺序和方向进行评估。

数据文件命名方式和使用方法

文件命名：测序数据以文本格式存储，文件的名称为“20181106Lachesis_assembly.fasta”，其中2018代表年，1106代表日期。数据读取方式：该数据可以直接用文本程序打开。（如：EditPlus）

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段元文. (2020). 植物Hi-C测序数据（2019）. 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.11888/Paleoenv.tpdc.270898. CSTR: 18406.11.Paleoenv.tpdc.270898.
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1. Yang, Y.Q., Sun, X.D., Kong, X.X., Wang, C.T., Yang, Y., Yin, X., Yang, D.N., Duan, Y.W., & Yang, Y.P. (2019). The Turnip Genome Provides Insights into Independent Evolution of Glucosinolate Biosynthesis, Nature Communications, 34(4), 848-854.( 查看 | Bibtex格式)

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资助项目

泛第三极环境变化与绿色丝绸之路建设专项(XDA20000000) (项目编号:XDA20000000) Pan-Third Pole Environment Study for a Green Silk Road-A CAS Strategic Priority A Program

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