本数据包括青藏高原纳木错地区土壤细菌分布数据，可用来探索围栏和放牧对纳木错地区土壤微生物的季节性影响，样品采集时间为2015年5月至9月，土壤样品用冰袋保存，运回北京青藏高原研究所生态实验室；本数据为扩增子测序结果，使用MoBio Powersoil™DNA分离试剂盒提取土壤DNA，引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3')和806R (5'GGACTACNVGGGTWTCTAAT-3')，扩增后的片段通过Illumina Miseq PE250方式测序。原始数据通过Qiime软件进行分析，之后计算序列之间相似度，并在相似度在97%以上的序列聚类为一个OTU。采用Greengenes参考文库进行序列比对，去除了只在数据库中出现一次的序列。土壤含水率和土壤温度由土壤温湿度计测得，土壤pH值用pH计测定(Sartorius PB-10, Germany)，用2 M KCl(土壤/溶液，1:5)提取土壤硝态氮(NO3−)和铵态氮(NH4+)浓度，并用Smartchem200离散自动分析仪进行分析。本数据集对研究干旱半干旱草原土壤微生物多样性具有重大意义。
孔维栋
青藏高原草地土壤细菌多样性数据。样品采集时间为2017年7月至8月，包含高寒草甸，典型草原，荒漠草原3种生态系统共计120个样品。土壤表层样品采集后用冰袋保存，运回北京青藏高原研究所生态实验室，通过MO BIO PowerSoil DNA试剂盒提取土壤DNA，16S rRNA基因片段扩增引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 806R (5´GGACTACNVGGGTWTCTAAT-3´)，扩增后的片段通过Illumina Miseq PE250方式测序。原始数据通过Qiime软件分析，序列分类依据Silva128数据库，将相似度在97%以上的序列聚类为一个操作分类单元（OTU）。本数据系统地比较了青藏高原样带草地土壤微生物的细菌多样性，对研究微生物在青藏高原的分布具有重大意义。
孔维栋
《2015年第三极部分湖泊水体细菌后处理产品和常规水质参数》数据集收集了2015年期间青藏高原地区部分湖泊水体采样细菌分析结果和常规水质参数。通过整理归纳汇总得到2015年第三极部分湖泊水体细菌后处理产品，数据格式为excel，方便用户查看。样品由计慕侃老师采集于2015年7月1日至7月15日，包含28个湖泊（巴木错，白马纳木错，班戈错（盐湖）， 班公错，崩错，别若则错，错鄂（申扎），错鄂（那曲），达瓦错，当穹错，当惹雍错，洞错，鄂雅错，公珠错，果根错，甲热布错，玛旁雍错，纳木错，聂尔错（盐湖），诺尔玛错，朋彦错（盐湖），蓬错，枪勇错，色林错，吴如错，物玛错，扎日南木错，扎西错），共计138个样品。其中湖泊水体细菌DNA提取方法如下：湖水过滤到0.45膜上，然后通过MO BIO PowerSoil DNA试剂盒提取DNA。16S rRNA基因片段扩增引物为515F (5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3') and 909r (5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')。测序方式为Illumina MiSeq PE250，原始数据通过Mothur软件分析，包括quality filtering, chimera removal,序列分类依据Silva109数据库，古菌、真核和未知来源序列已被移除。OTU以97%相似度分类，然后移除仅在数据库中出现一次的序列。常规水质检测参数包括：溶解氧、电导率、溶解性总固体、盐度、氧化还原电位、不挥发有机碳、总氮等。其中，溶解氧采用电极极谱法；电导率采用电导率仪；盐度采用盐度计；溶解性总固体采用TDS测试仪；氧化还原电位采用ORP在线分析仪；不挥发有机碳采用TOC分析仪；总氮采用分光光度法分别得到水质参数结果供参考。
叶爱中
第二次青藏高原综合科学考察研究任务五专题三“高原微生物多样性保护和可持续利用”（2019QZKK0503）第一、二年度共计开展30余次野外科学考察，足迹覆盖了青藏高原大部分地区，包括对藏东南、羌塘高原、可可西里、喜马拉雅区等区域冰川（如枪勇冰川、唐古拉冰川、珠峰东绒布冰川、杰马央宗冰川、帕隆4号冰川等）、湖泊（昂仁金错、错果、托素湖等）、河流（雅鲁藏布江等）、溪流、土壤、真菌地衣、动物多圈层微生物的考察。该数据集包含本专题第一、二年度野外考察收集的生境照、工作照、科考影像等电子数据，共计6,471个照片视频（其中照片6,124张）。
刘勇勤
该数据集包含2016年11月至2020年8月在青藏高原采集的15条冰川共269个冰雪样品微生物扩增子测序数据，包括24K冰川（24K）、冬克玛底冰川（DKMD）、敦德冰川（DD）、杰玛央宗冰川（JMYZ）、廓琼岗日冰川（KQGR）、来古冰川（LG）、帕隆4号冰川（PL4）、羌塘1号冰川（QT）、枪勇冰川（QY）、曲玛冰川（QM）、唐古拉龙匣宰陇巴冰川（TGL）、夏岗江冰川（XGJ）、雅拉冰川（YA）、泽普沟冰川（ZPG）、珠峰东绒布冰川（ZF）。采样区域经纬度范围为28.020°N到38.100°N和86.28°E到95.651°E。 通过聚合酶链式反应（PCR），采用515F/907R（或515F/806R）引物对16s rRNA基因的V4-V5区（或V4区）片段进行扩增，并用Illumina Hiseq2500测序平台测序获得原始数据。所选引物序列分别为：“515F_GTGCCAGCMGCCGCGGTAA; 907R_CCGTCAATTCMTTTRAGTTT”“515F_GTGCCAGCMGCCGCGG, 806R_GGACTACHVGGGTWTCTAAT”。上传的数据包括：样品编号，样品描述，采样时间，经纬度坐标，样品类型，测序目标，测序片段，测序引物，测序平台，数据格式等基础信息，测序数据以序列文件数据格式正向 *.1.fq.gz和反向 *.2.fq.gz压缩文件储存。
刘勇勤
通过2019和2020年度的科考工作，第二次青藏高原综合科学考察研究任务五专题3课题4地衣科考分队（2019QZKK05030400）对青藏高原地区大量的地衣采集空白区域进行了补充采集。2019年度科考首次深入对藏北阿里地区进行地衣生物多样性深度考察，2020年度对可可西里，三江源等地衣考察空白地区进行野外考察和标本采集。这些考察工作揭开了青藏高原地区地衣组成的神秘面纱，填补了国内对该地区馆藏的空白。 本数据集包含自2019年7月至2020年9月在西藏自治区、青海省、四川省、云南省采集的10,283号地衣标本信息，其中包括采集生境、采集时间、采集人、经纬度、海拔、拉丁学名等信息。包含标本照片4,328张，其中2019年815号地衣标本的2,425张照片，2020年543号标本的1,903张照片。实体标本储存于中国科学院昆明植物研究所标本馆（KUN）。标本采集信息和野外生态照片等均在Biotracks数据库和KUN标本数据库等各个数据库之间实现了同步，便于相关人员后期研究、整理和查询。标本目前在KUN标本馆内按时间、地区、属名排序并单独存放，便于后续研究，并且都保存了相应的分子材料或获得了分子序列，为后续标本的分类和系统学研究奠定了良好的材料基础。目前也正在开展各类群的DNA提取和系统分类学研究工作。
王欣宇
为研究青藏高原及周边地区主要马属驯化动物的群体演化历史和局部适应遗传机制，并建立相应的种质遗传资源库。我们对在青海省、西藏自治区、新疆自治区采集的青藏高原及周边地区的马属样本进行测序：包括藏家驴、平原家驴等品种。测序包括denove和重测序数据，为追溯该地区主要马属驯化动物的驯化、迁徙、扩张等群体历史事件，并进一步探讨马属动物对缺氧、高寒、干燥等恶劣环境的适应机理提供资料。同时，对家驴各组织进行测序，测序包括HIFI基因组数据、HiC基因组数据，为组装完整的驴的基因组做准备，便于后续分析。
李艳
生物多样性（biodiversity）是生物及其环境形成的生态复合体以及与此相关的各种生态过程的总和，表现在生命系统的各个组织水平上，包括遗传多样性、物种多样性以及生态系统多样性三个层次。生境质量越高，生物栖息地环境越好，生物多样性越高，在部分研究中采用生境质量指数来表征生物多样性（肖强 et al. 2014）。生境质量指数（Habitat Quality，HQ）是对区域土地利用类型的生境适宜性和生境退化程度状况进行评价的一个无量纲综合性指标，以耕地、道路、城镇和河流作为生境胁迫因子，打分形成敏感性参数。针对生物多样性产品生产，基于土地利用数据和InVEST模型进行了国家屏障区生态系统生物多样性建模研究。InVEST模型具有输入数据量少、导出数据量大、对抽象生态系统服务功能进行定量分析等优点，是当前生物多样性评估的重要手段。基于青藏高原地区土地利用的实际情况，选取水田、旱地、城镇用地、农村居民点和其他建设用地这5种人类活动影响极大的土地利用类型作为威胁因子。将土地利用数据作为InVEST模型的输入变量，基于参数化模型实现对青藏高原2000-2020年1km分辨率的陆地生物多样性估算。
王晓峰
调查并收集青藏高原及周边地区的蔓菁种质资源，进行同质园实验获得表型数据，利用基因组测序技术获得数据文库并构建高质量参考基因组。使用重测序技术对蔓菁群体进行结构分析，结合早期人类迁徙及扩散路线对蔓菁在青藏高原现代地理分布格局形成的历史过程进行探究。与表型数据进行关联分析，对蔓菁现代居群适应性机制进行解析。从全基因组层面上理解泛第三极的环境差异以及不同地区人类活动和文化差异对青藏高原植物迁徙、适应及驯化的影响。
段元文
调查并收集青藏高原及周边地区的蔓菁种质资源，进行同质园实验获得表型数据，利用基因组测序技术获得数据文库并构建高质量参考基因组。使用重测序技术对蔓菁群体进行结构分析，结合早期人类迁徙及扩散路线对蔓菁在青藏高原现代地理分布格局形成的历史过程进行探究。与表型数据进行关联分析，对蔓菁现代居群适应性机制进行解析。从全基因组层面上理解泛第三极的环境差异以及不同地区人类活动和文化差异对青藏高原植物迁徙、适应及驯化的影响。
段元文
调查并收集青藏高原及周边地区的蔓菁种质资源，进行同质园实验获得表型数据，利用基因组测序技术获得数据文库并构建高质量参考基因组。使用重测序技术对蔓菁群体进行结构分析，结合早期人类迁徙及扩散路线对蔓菁在青藏高原现代地理分布格局形成的历史过程进行探究。与表型数据进行关联分析，对蔓菁现代居群适应性机制进行解析。从全基因组层面上理解泛第三极的环境差异以及不同地区人类活动和文化差异对青藏高原植物迁徙、适应及驯化的影响。
段元文
裸大麦，西藏称青稞，它是西藏高原的主要农作物，藏族人民的主要食粮。其种植历史悠久，播种面积最大，分布范围最广，种植上限最高。就全自治区而言，常年的播种面积和总产量都占作物总播种面积和粮食总产量的一半以上。在海拔4200米以下的河谷地区，占当地作物播种面积的30—50%。在海拔4200—4500米的高寒农区，占当地作物播种面积的70—90%。在海拔4500米以上的农业点，裸大麦几乎是唯一的农作物。西藏裸大麦具有较强的耐寒、耐旱性，适应高原气候条件，自海拔1000多米至4500米左右广大的农区、农牧交错区都有分布，目前种植的上限达到4750米，是西藏作物分布的最高上限。1974年青藏高原综合科学考察队从四川进藏，沿途进行了线路考察。在昌都地区察雅县吉塘区调查野生大麦时，藏族社员提供了半野生小麦的情况，它是一种在形态上很象小麦，而在成熟时穗轴断裂的一种小麦，一般是做为田间杂草混杂在青稞与小麦田间。采集了植株标本和种子。当考察队到达西藏自治区农科所时，得知自治区农科所程天庆、董玉鳌同志1962年曾在山南地区隆子县三安曲林采集到一种成熟时穗轴折断的小麦，它和我们在西藏其它地区采集到的材料同属于一个类型。随后，在日喀则地区农科所，谭昌华同志讲他在仁布县也看到过这种在成熟时穗轴折断的小麦。除了上述地区，这一年的考察中，还在山南加查县、贡嘎县、隆子县附近发现了这种野生小麦。目前已知的分布地区包括了澜沧江流域，雅鲁藏布江流域和隆子河流域。
路季梅
西藏的农业集中分布在藏南雅鲁藏布江流域和藏东怒江、澜沧江、金沙江流域的河谷地带。河谷农区的耕地面积占全自治区耕地总面积的75%，粮食产量占全自治区粮食总产量的80%以上。小麦、裸大麦（西藏称青稞）是西藏自治区主要的粮食作物，常年播种面积占粮食总播面积的80%以上，而河谷农区的小麦、裸大麦，又占全自治区小麦、裸大麦播种面积的75%和总产的82%。河谷农区处于北纬28-31°之间，海拔在2700—4100米范围内，属于高原温带气候，土壤、水利条件较好，作物产量较高。但是解放前在黑暗的封建农奴制度下，人民生活极端贫困，农业生产十分落后，粮食亩产仅百余斤。解放后，特别是1972年以来，在河谷农区大面积推广冬小麦，促进了耕作制度的变革，粮食产量显著上升。1975年全区粮食总产比1965年增长50%以上，比民主改革前的1958年增长1.5倍以上。1977年全区冬麦播种面积近70万亩，约占粮食播种面积的20%。冬小麦种植范围已由原来的海拔3000米以下地区，扩展到海拔4100米以下的广大地区，西藏高原已由历史上的春麦区，发展成为春麦、冬麦兼种区。1977年河谷农区冬小麦的平均亩产超过了400斤，裸大麦、春小麦的平均亩产亦达300斤，各地还出现了一批小麦、棵大麦亩产千斤以上的高产田块，最高亩产量达到1673斤。
路季梅
一定的水热状况和土壤条件是作物生长的基础，西藏高原地域广大，不同地区的海拔高度与地表形态的变化极为复杂，高原气候与土壤产生明显的空间变化，因而耕地与作物分布具有很大的地区性。西藏境内有着东西向和南北向的两组高大山脉，构成高原的基本骨架。高山之间分布着辽阔的高原，并有许多低山、丘陵、湖盆与河谷镶嵌其间，全区总的地势自东南向西北逐渐拾升，东南部的海拔较低，西部、北部的海拔较高。雄伟的喜马拉雅山矗立在南部和西部的中印、中尼、中锡、中不、中巴边界上，全长2400公里，山体宽200-300公里，平均海拔在6000米以上，构成了青藏高原南部的天然屏障。孟加拉湾的暖湿气流受山体阻隔，喜马拉雅山南坡的气侯温暖湿润，喜马拉雅山北麓的气候温凉干燥，南坡、北麓形成两个不同的气侯区域。喜马拉雅山南侧山地河流深切，为高山峡谷地貌。谷地海拔多在3000米以下，气候暖热、湿润。土壤类型丰富，主要有山地黄壤、山地棕壤、山地褐土和高山草甸土等，土壤呈酸性至中性反应，含有较丰富的腐殖质，含氮量较高，质地较粗，通透性好。地表径流丰富，水利灌溉条件较优。但由于地形限制，土地大多因坡度大于25度而不能利用，多为森林所覆盖。耕地主要分布在海拔4000米以下的沿河谷地上，面积很有限。
路季梅
第二次青藏高原综合科学考察研究任务五专题一“高原动物多样性保护和可持续利用”（2019QZKK0501）第二年度（2020年底至2021年）采集的动物标本、组织样本、DNA条码样品等实体样品信息。所有数据按课题、子课题整理，文件夹按课题号、子课题号命名。每个文件夹包含1个数据集规范表，1个或多个标本信息表，1个或多个组织样品信息表。每个信息表包含子课题编号、物种、采集地、采集时间、采集人、样品类型、保存方式等信息。
青藏高原动物资源共享平台
1）数据内容：面对未来气候变化青藏高原10种两栖类爬行类遗传多样性的变化。2）数据来源及加工方法：基于青藏高原10种两栖爬行类条形码数据，结合SDM、MPTP approach等软件构建未来2050年、2070年、2090年等时期的遗传多样性及分布情况。3）数据质量描述：数据质量经过核查，分析数据人员经过实验室严格培训。4）数据应用成果及前景：发现分布于青藏高原北部的两栖爬行类需要在保护上给与更多的关注。
沈文菁
利用野外调查和文献调研收集到的青海沙蜥（Phrynocephalus vlangalii）分布点，结合五个来自于WorldClim数据库的气候因子，分别将当前（1960-1990年）和未来（2061-2080年）的气候数据输入训练好的物种分布模型，对当前和未来的适宜栖息地进行预测。预测结果表明，在青海沙蜥在气候变化下将会丧失大量原有栖息地，针对青海沙蜥的保护措施应重点关注青藏高原东缘，柴达木盆地北部和东部这些地区。模型也预测在气候变化后，新的适宜栖息地将在原本不适宜青海沙蜥生存的地区出现。然而，由于爬行动物的扩散能力非常有限（文献记录的最大年扩散距离不足500m），新出现的适宜栖息地不一定能被青海沙蜥利用。同时，通过野外工作收集三个海拔种群青海沙蜥的生理、生活史、行为及形态数据并结合微气候数据，利用机制生态位模型预测了气候变化在当前适宜分布区对青海沙蜥造成的生理后果。模型预测的结果表明，无论在SSP245还是SSP585气候变化情景下，青海沙蜥的活动时间在当前适宜分布区的大部分范围（> 93%）内都会增加，热安全阈在当前适宜分布区的所有地点都会减少。高海拔种群的活动时间增幅小于低海拔种群，而其热安全阈减少的幅度却大于低海拔种群。研究结果揭示了气候变化可能对分布在高海拔地区的蜥蜴种群造成更大影响。
曾治高
1) 数据内容：2021年青藏高原为中心的泛第三极钩虾物种多样性比较分析结果；2) 数据来源及加工方法：基于青藏高原及其周边地区567条遗传数据运用BEAST软件构建系统发育树；基于青藏高原3180条分布数据，包括经纬度、海拔，运用ArcView、Maxent软件构建LGM、Mid-Holocene、现在、和未来时期的预测分布图；3) 数据质量描述：样品的采集和经纬度、海拔信息经过核对，确保分布数据的质量，分析人员均进过实验室的严格培训；4) 数据应用成果及前景：发现以青藏高原为核心的泛第三极包括丰富的钩虾物种多样性，但大多数物种还没有正式描记和发表，有待下一步工作的开展。该研究为西藏地区生物多样性评估和生态保护提供科学依据。
侯仲娥
为掌握高原农牧象虫以及相关鞘翅目、脉翅目、双翅目等天敌昆虫物种组成、区系特点及寄主信息，建立高原农牧天敌昆虫的DNA条形码快速鉴定体系，评估天敌资源现状，提出天敌昆虫可持续利用建议。子课题2019QZKK05010606在青藏高原开展重点农牧区、大宗作物相关象虫以及鞘翅目、脉翅目、双翅目等天敌昆虫资源调查，天敌昆虫物种多样性数据库建设，天敌资源现状评估和可持续利用评估。2020年期间西藏自治区、云南省农牧交错区、农林交错区，农区与牧区腹地，开展农牧鞘翅目、脉翅目、双翅目等天敌昆虫关键类群调查，进行标本采集、样品采集，生物学信息与生态环境信息收集等，按照标准和规范系统整理天敌昆虫标本，并有效保藏，开展物种形态鉴定并获取DNA条形码信息，整合物种地理分布、寄主信息、生态图片等信息，构建天敌物种多样性信息库；对天敌资源现状进行评估并提出可持续利用的建议。
刘宁
为掌握高原农牧象虫以及相关鞘翅目、脉翅目、双翅目等天敌昆虫物种组成、区系特点及寄主信息，建立高原农牧天敌昆虫的DNA条形码快速鉴定体系，评估天敌资源现状，提出天敌昆虫可持续利用建议。子课题2019QZKK05010601在青藏高原开展重点农牧区、大宗作物相关象虫以及鞘翅目、脉翅目、双翅目等天敌昆虫资源调查，天敌昆虫物种多样性数据库建设，天敌资源现状评估和可持续利用评估。2020年期间西藏自治区、云南省农牧交错区、农林交错区，农区与牧区腹地，开展农牧鞘翅目、脉翅目、双翅目等天敌昆虫关键类群调查，进行标本采集、样品采集，生物学信息与生态环境信息收集等，按照标准和规范系统整理天敌昆虫标本，并有效保藏，开展物种形态鉴定并获取DNA条形码信息，整合物种地理分布、寄主信息、生态图片等信息，构建天敌物种多样性信息库；对天敌资源现状进行评估并提出可持续利用的建议。
乔格侠
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