蔓菁植物Hi-C测序数据(2021)

Plant Hi-C sequencing data of the germplasm (2021)


调查并收集青藏高原及周边地区的蔓菁种质资源,进行同质园实验获得表型数据,利用基因组测序技术获得数据文库并构建高质量参考基因组。使用重测序技术对蔓菁群体进行结构分析,结合早期人类迁徙及扩散路线对蔓菁在青藏高原现代地理分布格局形成的历史过程进行探究。与表型数据进行关联分析,对蔓菁现代居群适应性机制进行解析。从全基因组层面上理解泛第三极的环境差异以及不同地区人类活动和文化差异对青藏高原植物迁徙、适应及驯化的影响。


数据文件命名方式和使用方法

文件名称:测序数据以文本格式存储,示例: "brr.hic.clean1.fq.gz",其中brr代表speice,clean1代表日期。数据可以直接用文本程序打开。(例如Editplus)


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数据的引用

段元文. (2022). 蔓菁植物Hi-C测序数据(2021). 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.11888/HumanNat.tpdc.272652. CSTR: 18406.11.HumanNat.tpdc.272652.
[Duan, Y. (2022). Plant Hi-C sequencing data of the germplasm (2021). A Big Earth Data Platform for Three Poles, DOI: 10.11888/HumanNat.tpdc.272652. CSTR: 18406.11.HumanNat.tpdc.272652. ] (下载引用: RIS格式 | RIS英文格式 | Bibtex格式 | Bibtex英文格式 )

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资助项目

泛第三极环境变化与绿色丝绸之路建设专项(XDA20000000) (项目编号:XDA20000000) Pan-Third Pole Environment Study for a Green Silk Road-A CAS Strategic Priority A Program

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  • 数据时间范围: 2019-12-01 至 2022-07-01
  • 元数据更新时间: 2022-06-23

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联系信息
段元文  

分发方: 时空三极环境大数据平台

Email: poles@itpcas.ac.cn

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