Genome Assembly of Alpine Species Salix Brachista on the Tibetan Plateau (2019)
本数据集来源于论文：Chen, J.*#, Huang, Y.*#, Brachi, B.*#, Yun, Q.*#, Zhang, W., Lu, W., Li, H., Li, W., Sun, X., Wang, G., He, J., Zhou, Z., Chen, K., Ji, Y., Shi, M., Sun, W., Yang, Y.*, Zhang, R.#, Abbott, R. J.*, & Sun, H.* (2019). Genome-wide analysis of Cushion willow provides insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot. Nature Communications, 10(1), 5230. doi:10.1038/s41467-019-13128-y.
本数据集包含青藏高原高山植物小垫柳Fasta格式的基因组组装文件，包括核苷酸（DNA）、核糖核酸（RNA）、蛋白质编码序列（Protein）序列数据，以及gff格式的基因组组装注释文件。
组装等级：染色体级别
基因组覆盖程度：全基因组
参考基因组：是
组装方法：SMARTdenovo 1.0; CANU 1.3
测序方法及测序深度： PacBio, 125×; Illumina Hiseq X Ten, 43×; Oxford Nanopore Technologies, 74×
基因组组装统计：
基因组大小（bp）：339,587,529
GC含量：34.15%
染色体数量：19
细胞器基因组数量：2
基因组组装序列数量：30
最大组装序列长度（bp）：39,688,537
最小组装序列长度（bp）：57,080
平均组装序列长度（bp）：11,319,584
基因组组装序列N50（bp）：17,922,059
基因组组装序列N90（bp）：13,388,179
全基因组组装注释：
Protein：30,209
tRNA：784
rRNA：118
ncRNA：671
详细的注释信息请参见附件。
本数据集中也包含文章中Supplementary Information中的表格数据，数据列表参见附件。
基因组项目号为：GWHAAAA00000000（https://bigd.big.ac.cn/gwh/Assembly/663/show）。
Supplementary Information中的表格数据以论文中的命名方式命名，可用Microsoft Office中的Excel软件进行查看和编辑；
基因组组装数据可用记事本打开查看。
陈家辉, 杨永平, Richard John Abbott, 孙航. (2020). 青藏高原高山植物小垫柳基因组组装数据集（2019）. 时空三极环境大数据平台,
DOI:
10.11888/Ecolo.tpdc.270908.
CSTR:
18406.11.Ecolo.tpdc.270908.
[Chen, J., Yang, Y., Richard John Abbott., Sun, H. (2020). Genome Assembly of Alpine Species Salix Brachista on the Tibetan Plateau (2019). A Big Earth Data Platform for Three Poles,
DOI:
10.11888/Ecolo.tpdc.270908.
CSTR:
18406.11.Ecolo.tpdc.270908.
]
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1. Chen, J., Huang, Y., Brachi, B., Yun, Q., Zhang, W., Lu, W., Li, H., Li, W., Sun, X., Wang, G., He, J., Zhou, Z., Chen, K., Ji, Y., Shi, M., Sun, W., Yang, Y., Zhang, R., Abbott, R. J., & Sun, H. (2019). Genome-wide analysis of Cushion willow provides insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot. Nature Communications, 10(1), 5230. doi:10.1038/s41467-019-13128-y( 查看 | 下载 | Bibtex格式)
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泛第三极环境变化与绿色丝绸之路建设专项(XDA20000000) (项目编号:XDA20000000) Pan-Third Pole Environment Study for a Green Silk Road-A CAS Strategic Priority A Program
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