西藏现代藏族人群脐带内皮细胞染色质三维结构调控组测序数据(2010-2020)

Three dimensional chromatin structure of umbilical cord endothelial cells from modern Tibetan population in Tibet (2010-2020)


1) 数据内容:该数据是项目实施过程中产生的高原藏族与平原汉族人群的脐带内皮细胞染色质开放组数据,包括5例高原藏族脐带内皮细胞染色质开放组数据与5例平原汉族脐带内皮细胞染色质开放组数据,每个细胞染色质开放组数据量为>15G测序深度,可以用来研究高原藏族人群与平原汉族人群对高原低氧环境的染色质开放模式与基因表达调控模式。

2)数据来源及加工方法:课题组自有数据,利用illumina X-ten 测序平台Pair-end 150bp建库测序方法。

3)数据质量:>15G数据量,Q30>90%。

4)数据应用成果及前景:数据用于验证高原低氧适应基因对低氧环境下的细胞染色质开放模式与基因表达变化模式。


数据文件命名方式和使用方法

A表示藏族适应性细胞;W表示汉族不适应性细胞。


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数据的引用

祁学斌. (2021). 西藏现代藏族人群脐带内皮细胞染色质三维结构调控组测序数据(2010-2020). 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.11888/Ecolo.tpdc.271201. CSTR: 18406.11.Ecolo.tpdc.271201.
[Qi, X. (2021). Three dimensional chromatin structure of umbilical cord endothelial cells from modern Tibetan population in Tibet (2010-2020). A Big Earth Data Platform for Three Poles, DOI: 10.11888/Ecolo.tpdc.271201. CSTR: 18406.11.Ecolo.tpdc.271201. ] (下载引用: RIS格式 | RIS英文格式 | Bibtex格式 | Bibtex英文格式 )

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参考文献

1.Xin, J., Zhang, H., He, Y., Duren, Z., Bai, C., Chen, L., Luo, X., Yan, D., Zhang, C., Zhu, X., Yuan, Q., Cui, C., Qi, X., Ouzhuluobu, Wong, W.H., Wang, Y. & Su, B. Chromatin accessibility landscape and regulatory network of high-altitude hypoxia adaptation. Nature Communications, 11, 4928 (2020). (查看 | 下载 )


资助项目

泛第三极环境变化与绿色丝绸之路建设专项(XDA20000000) (项目编号:XDA20000000) Pan-Third Pole Environment Study for a Green Silk Road-A CAS Strategic Priority A Program

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  • 数据时间描述: 2010-2020
  • 元数据更新时间: 2021-04-19
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祁学斌  

分发方: 时空三极环境大数据平台

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