青藏高原冰川冰雪微生物扩增子测序数据集(V1.0)(2016-2020)

Microbial amplicon sequencing dataset for glacial ice and snow on the Tibetan Plateau (V1.0) (2016-2020)


该数据集包含2016年11月至2020年8月在青藏高原采集的15条冰川共269个冰雪样品微生物扩增子测序数据,包括24K冰川(24K)、冬克玛底冰川(DKMD)、敦德冰川(DD)、杰玛央宗冰川(JMYZ)、廓琼岗日冰川(KQGR)、来古冰川(LG)、帕隆4号冰川(PL4)、羌塘1号冰川(QT)、枪勇冰川(QY)、曲玛冰川(QM)、唐古拉龙匣宰陇巴冰川(TGL)、夏岗江冰川(XGJ)、雅拉冰川(YA)、泽普沟冰川(ZPG)、珠峰东绒布冰川(ZF)。采样区域经纬度范围为28.020°N到38.100°N和86.28°E到95.651°E。

通过聚合酶链式反应(PCR),采用515F/907R(或515F/806R)引物对16s rRNA基因的V4-V5区(或V4区)片段进行扩增,并用Illumina Hiseq2500测序平台测序获得原始数据。所选引物序列分别为:“515F_GTGCCAGCMGCCGCGGTAA; 907R_CCGTCAATTCMTTTRAGTTT”“515F_GTGCCAGCMGCCGCGG, 806R_GGACTACHVGGGTWTCTAAT”。上传的数据包括:样品编号,样品描述,采样时间,经纬度坐标,样品类型,测序目标,测序片段,测序引物,测序平台,数据格式等基础信息,测序数据以序列文件数据格式正向 *.1.fq.gz和反向 *.2.fq.gz压缩文件储存。


数据文件命名方式和使用方法

文件命名:样品编号命名规则为“yymm g type num-add”,其中yy代表年,mm代表月份,g代表冰川缩写简称,type为样品类型(I:ice冰;SN:snow雪),num代表样品序号,add为补充信息。比如190624KSN1就代表2019年6月份采集的24K冰川表层雪样1。测序数据按照不同冰川(冰川简称)整理。
数据读取方式:表格可直接使用Excel工具打开。扩增子测序数据(fastq文件)可通过测序数据分析软件打开。


本数据要求的引用方式 查看数据引用帮助 数据引用必读
数据的引用

刘勇勤. (2022). 青藏高原冰川冰雪微生物扩增子测序数据集(V1.0)(2016-2020). 时空三极环境大数据平台, DOI: 10.11888/HumanNat.tpdc.272502. CSTR: 18406.11.HumanNat.tpdc.272502.
[Liu, Y. (2022). Microbial amplicon sequencing dataset for glacial ice and snow on the Tibetan Plateau (V1.0) (2016-2020). A Big Earth Data Platform for Three Poles, DOI: 10.11888/HumanNat.tpdc.272502. CSTR: 18406.11.HumanNat.tpdc.272502. ] (下载引用: RIS格式 | RIS英文格式 | Bibtex格式 | Bibtex英文格式 )

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资助项目

第二次青藏高原综合科学考察研究 Second Tibetan Plateau Scientific Expedition Program

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License: This work is licensed under an Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)


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East: 95.65 West: 86.28
South: 28.02 North: 38.10
数据细节
  • 时间分辨率: 月
  • 空间分辨率: 10km - 100km
  • 大小: 2,191 MB
  • 浏览: 1058 次
  • 下载量: 0 次
  • 共享方式: 保护期内
  • 数据时间范围: 2016-11-15 至 2020-08-15
  • 元数据更新时间: 2022-07-22

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联系信息
刘勇勤  

分发方: 时空三极环境大数据平台

Email: poles@itpcas.ac.cn

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